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Das FLI ist als selbstständige Bundesoberbehörde und Forschungsinstitut im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft auf den Gebieten Tiergesundheit, Tierernährung, Tierhaltung, tiergenetische Ressourcen und Tierschutz tätig.

Am Standort Jena ist im Institut für bakterielle Infektionen und Zoonosen zum nächstmöglichen Zeitpunkt die Stelle

einer wissenschaftlichen Mitarbeiterin / eines wissenschaftlichen Mitarbeiters (Doktorandin/Doktorand) im Bereich Bioinformatik

mit 65% der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit, befristet für 36 Monate zu besetzen. Der Abschluss des Arbeitsverhältnisses erfolgt auf der Grundlage der Bestimmungen des Tarifvertrages des öffentlichen Dienstes (TVöD) und die Eingruppierung bei Erfüllung der tariflichen Voraussetzungen in die Entgeltgruppe 13 TVöD, Tarifgebiet - Ost.

Aufgaben:
Implementierung von Pipelines zur automatische Vorverarbeitung von Whole Genome Sequencing(WGS)-Daten aus Isolaten von Salmonellen und Campylobacter Spezies mit den Zielen: 

1.     Genotypisierung zur Ausbruchsaufklärung

2.     Charakterisierung von Plasmiden

3.     Vorhersage von Antibiotikaresistenzen

4.     Bestimmung von genetischen Ursachen für Resistenzen

5.     Auswertung von Metagenomdaten

Anforderungen:

    Abgeschlossenes Hochschulstudium der Bioinformatik, Systembiologie, Computational Biology oder verwandter Fachrichtungen
    Kenntnisse im Bereich der bioinformatischen Programmierung (Snakemake, Shell,R/Python/Perl etc.)
    Sehr gute Kenntnisse der englischen Sprache in Wort und Schrift

Von Vorteil sind:

    Erfahrung im Umgang mit Linux Rechnern
    Erfahrung in der Analyse von WGS-Daten (Spades, Prokka…) und Metagenomdaten (Kraken, Metaphlan…)
    Erfahrung mit Verfahren zur Genotypisierung (cgMLST, canonical SNPs…)
    Erfahrung in der Vorhersage von Plasmiden (plasmidfinder,…) und von Resistenzen (resistancefinder, CARD…)

Wir bieten mit der Bearbeitung der Thematik das Erlernen von praktischen Fähigkeiten zur Vorverarbeitung und Interpretation von großen Datensätzen, sowie die Möglichkeit bei der Bekämpfung gefährlicher Infektionskrankheiten beizutragen und die Möglichkeit der Promotion an der Fakultät für Mathematik und Informatik der Friedrich-Schiller-Universität Jena.

Die Tätigkeit beinhaltet den Einsatz im Sicherheitsbereich, was eine Sicherheitsüberprüfung gem.Sicherheitsüberprüfungsgesetz (SÜG) und besondere Schutzvorkehrungen vor Gesundheitsgefahren erfordert. Die persönliche und gesundheitliche Eignung ist daher Voraussetzung für die Stellenbesetzung. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt; von ihnen wird nur ein Mindestmaß an körperlicher Eignung verlangt.

Nähere Auskünfte erteilt Dr. Linde, Tel.: 03641-804 2320 oder E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
 
Schriftliche Bewerbungen mit aussagefähigen Unterlagen werden unter der Kennziffer 18/18 bis zum 31.05.2018 an das Friedrich-Loeffler-Institut, Fachbereich Personal, Postfach 1318 in 17466 Greifswald - Insel Riems erbeten. Bewerbungen per E-Mail werden nur berücksichtigt, wenn sie als PDF-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! gesandt werden. Bitte unbedingt den folgenden Betreff angeben: Stelle 18/18.