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Postdoc Position - CDCS Computational Systems Biology

The Center for Data and Computing in Natural Sciences which ist currently being formed invitest applications for a

Research Associate for "Computational Systems Biology"

We are looking for a scientist* in the field of scientific computer science. Your tasks will include the implementation and supervision of research projects in a team in the thematic priority area of systems biology with cross-references to structural biology. In particular, the methodological conception, sustainable implemenation, validation optimization and application of software for structural systems biology are in the focus of attention.
 
The complete announcement can be found here.

Postdoctoral Scientist in Bioinformatics (m/f/x) – Phylogenomics and Big Data

Working time 100 % (39 hours / week), start: 15.03.2021, application deadline 25.01.2021, limited to 1 year with the option of prolongation to a total of 2 years. Application deadline

Microbes play an essential role in ecosystems by catalyzing most biogeochemical reactions necessary for carbon and nitrogen turnover and degradation of aromatic compounds, among others. However, natural environments are highly complex. One gram of soil contains more than 1x109 microbes. Additionally, microbes do not function in isolation but rather act as members of complex communities further increase the complexity in the analysis of microbial communities linked to ecosystem processes. The postdoctoral researcher working on this project will help to coordinate a large international consortium involved in the exploration of thousands of metagenome-assembled genomes recovered from terrestrial environments. Furthermore, knowledge gained will also assist in the design and spread of FAIR Principles for scientific data management in bioinformatics and microbial ecology.

Brief description of job:
We seek a highly motivated postdoctoral researcher to provide support in the analysis of projects originating from the CLUE-TERRA consortium (https://www.ufz.de/index.php?en=47300). This consortium was founded by the Microbial Data Science group (led by Dr. Nunes da Rocha, https://www.ufz.de/index.php?en=43659) and consists of the collaborative effort of more than 16 working groups from Europe, United States of America and Brazil.
The data generated from this consortium consists of more than 51 000 metagenome-assembled genomes (MAGs) assembled from over 6000 samples collected from terrestrial environments. The postdoctoral researcher will focus on the coordination of the several projects as well as perform community and statistical analysis.

Your profile:
•    PhD in bioinformatics, computational biology or systems biology with a background on microbial ecology or microbial physiology
•    Demonstrated experience in working with omics databases (in particularly metagenomes), python and/or R (other languages are an advantage) and use of related bioinformatics tools
•    Solid experience in scientific publishing attested by first authored publications in ISI listed journals
•    Ability to work in an interdisciplinary team
•    Proficient spoken and written English language skills
Your tasks:
•    Provide support in project coordination
•    Collect additional metagenomic data from publicly available database
•    Perform reconstruction of Metagenome-Assembled Genomes (MAGs)
•    Perform MAG classification
•    Perform functional annotation of MAGs
•    Mining molecular microbial physiology databases
•    Data analysis using advanced statistics mainly using python and R based multivariate statistics, modeling and network analysis toolboxes.
•    Teamwork within the working group and other collaborating projects in joint data synthesis activities for own and joint publications.
•    Writing high-ranking scientific publications and data presentation in conferences

Please submit your application via our online portal with your cover letter, CV (please omit your photo, age, nationality or marital status), list of publications, contact of 3 references and relevant attachments. The online portal can be found in the following link:
https://recruitingapp-5128.de.umantis.com/Vacancies/2016/Description/2

Contact: Dr. Nunes da Rocha (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!)

Postdoctoral Scientist in Bioinformatics (m/f/x) – constructed ecosystems

Working time 100 % (39 hours / week), start: 15.03.2021, application deadline 25.01.2021, limited to 1 year with the option of prolongation to a total of 2 years. Application deadline

Microbial diversity profoundly impacts terrestrial ecosystems as it provides the key catalysts for the biogeochemical reactions needed to sustain all ecosystem services. The postdoctoral researcher will work on samples originated from constructed ecosystems and will research: antibiotic resistance, biogas production, chain elongation, anaerobic aromatic degradation. The knowledge gained in this project will be used in technology transfer activities to policy making agencies and industry.

Brief description of job:
We seek a highly motivated postdoctoral researcher to work in projects involving the analysis of more than 400 samples collected from bioreactors to large-scale biogas plants originated from the collaborative effort between the Microbial Data Science group (led by Dr. Nunes da Rocha, https://www.ufz.de/index.php?en=43659) and MICAS group (led by Dr. Kleinsteuber, https://www.ufz.de/index.php?en=38431). The postdoctoral researcher will focus on the coordination of the several projects involved with bioinformatics and microbial ecology in constructed ecosystems. Further, the postdoctoral researcher will participate in the wet-lab preparation of the samples for sequencing (DNA and RNA extractions). Additionally, the postdoctoral researcher will focus on the reconstruction of genomes from metagenomes, multi-omics analysis and writing the manuscripts for publication.

Your profile:
•    PhD in bioinformatics, computational biology or systems biology with a background on microbial ecology or microbial physiology
•    Demonstrated experience in working with omics databases (in particularly high-throughput DNA or RNA-seq), python (other languages are an advantage) and use of related bioinformatics tools and pipelines
•    Solid experience in scientific publishing attested by first authored publications in ISI listed journals
•    Ability to work in an interdisciplinary team
•    Proficient spoken and written English language skills
Your tasks:
•    Coordinate sequencing projects
•    DNA extraction for short and long read sequencing
•    Library preparation and long read sequencing for the selected projects
•    RNA extraction for sequencing
•    Development of metagenomics and metatranscriptomics analysis pipeline for long sequencing reads.
•    Mining molecular microbial physiology databases (experience in biodegradation of aromatic compounds and antimicrobial resistance is an advantage)
•    Data analysis using advanced statistics mainly using python and R based multivariate statistics, modeling and network analysis toolboxes.
•    Teamwork within the working group and other collaborating projects in joint data synthesis activities for own and joint publications.
•    Writing high-ranking scientific publications and data presentation in conferences.

Please submit your application via our online portal with your cover letter, CV (please omit your photo, age, nationality or marital status), list of publications, contact of 3 references and relevant attachments. The online portal can be found in the following link:
https://recruitingapp-5128.de.umantis.com/Vacancies/2016/Description/2

Contact: Dr. Nunes da Rocha (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!)

PhD and PostDoc position [University Duisburg-Essen]

In the Department of Biodiversity at the University Duisburg-Essen we are looking for a bioinformatics PhD student interested in aquatic molecular biodiversity and ecology and a PostDoc for “Data management and integration of ecosystem data”.

Both positions will be part of the newly funded CRC "Multilevel Response to Stressor Increase and Release in Stream Ecosystems" (SFB RESIST).

For the PhD positions see the joined job announcement, reference number 798-20: https://bit.ly/33EXoiD

The PostDoc position will also be officially announced soon on the University website...

Both positions are also described here: https://dbeisser.de/jobs/

For further information, questions or to submit your application, please contact: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

W2-Professur „Analytische Chemie & Data Science“ an der HSWT

Lehr- und Forschungsinhalte:

 

Die Professur vertritt in erster Linie das Fachgebiet der analytischen Chemie in Biowissenschaften. Außerdem soll auch der Bereich "Data Science" in Lehre und angewandter Forschung Anwendung finden. Komplexe naturwissenschaftliche Fragestellungen und computergestützte Methoden sollen so verknüpft werden. Die praxisorientierte Lehre beinhaltet die Grundlagen der Chemie und neben methodischen und theoretischen Ansätzen auch bedeutende aktuelle Entwicklungen, vor allem in der Digitalisierung. Lehrangebote und Mitgestaltung werden in allen Bachelorstudiengängen der Fakultät und gerne auch im Masterbereich erfolgen. Die künftige Vernetzung mit Unternehmen und Forschungseinrichtungen der Region München ist zudem eine wichtige Aufgabe.

 

Eine aktive Gestaltung der angewandten Forschung, die Betreuung von Praktika, Projekt- und Abschlussarbeiten, die Übernahme englischsprachiger Lehrveranstaltungen sowie die Mitarbeit in der Hochschulselbstverwaltung werden vorausgesetzt. Die Übernahme angrenzender Lehrinhalte ist erwünscht. Wir bieten ein interessantes Arbeitsfeld an der Schnittstelle zwischen angewandter Forschung und praxisnaher Lehre mit der Möglichkeit zur selbständigen Weiterentwicklung des Fachgebietes.

 

 

 

Profil:

 

Wir suchen eine teamfähige und wissenschaftlich ausgewiesene Persönlichkeit mit einem überdurchschnittlich abgeschlossenen Hochschulstudium der Chemie oder einem vergleichbaren natur- oder ingenieurwissenschaftlichen Hochschulabschluss mit passendem Schwerpunkt. Sie verfügen über eine erfolgreiche einschlägige berufliche Praxis, gerne auch mit internationalem Kontext. Sie werden Instrumente eines modernen Lehrumfeldes (wie z.B. eLearning) didaktisch kompetent einsetzen.

 

 

 

Wir erwarten von Ihnen besondere Kenntnisse in analytischer Chemie und Biochemie. Dazu bringen Sie mehrjährige Erfahrungen und Expertise aus Labor, industriellen Prozessen oder Modellierung ein, bei welchen Daten mit modernen Methoden der Informatik verarbeitet wurden. Kompetenzen im Umgang mit modernen Datenanalysewerkzeugen sind erwünscht.

 

 

 

Einstellungsvoraussetzungen:

 

1. abgeschlossenes Hochschulstudium,

 

2. pädagogische Eignung,

 

3. besondere Befähigung zu wissenschaftlicher Arbeit, die durch die Qualität einer Promotion oder durch einen anderen Nachweis (Gutachten über promotionsadäquate Leistungen) nachgewiesen wird,

 

4. darüber hinaus besondere Leistungen bei der Anwendung oder Entwicklung wissenschaftlicher Erkenntnisse und Methoden in einer mindestens fünfjährigen beruflichen Praxis nach Abschluss des Hochschulstudiums. Von diesen fünf Praxisjahren müssen Sie mindestens drei Jahre außerhalb des Hochschulbereichs gearbeitet haben. Als Berufspraxis außerhalb des Hochschulbereichs gilt in besonderen Fällen auch, wenn Sie mindestens 5 Jahre einen erheblichen Teil Ihrer beruflichen Praxis in Kooperation zwischen Hochschule und außerhochschulischer beruflicher Praxis tätig waren.

 

 

 

Bitte beachten Sie den vollständigen Text der Stellenausschreibung, der weitere wichtige Informationen enthält!

 

 

 

Bitte bewerben Sie sich mit den vollständigen Unterlagen (u.a. Anschreiben, Lebenslauf, Zeugnisse, Nachweise über den beruflichen Werdegang und wissenschaftliche Arbeiten) bis zum 03.01.2021 direkt über unser Online-Bewerbermanagement unter www.hswt.de/stellenangebote.html.

 

weitere Auskünfte erteilt Ihnen gerne:

 

Prof. Dr. Volker Müller-Schollenberger

 

Tel.: +49 (0) 8161 71-6283

 

E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

 

 

Link zur Stellenausschreibung: www.hswt.de/stellenangebote.html

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in am ZBH

In der MIN-Fakultät, Zentrum für Bioinformatik, Abteilung Genominformatik, sind 2 Stellen für wiss. Mitarbeiter/innen bzw. Doktoranden/innen mit 50 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit (13 TV-L) zum 1.2.2021 zu besetzen.

Bitte entnehmen Sie alle Informationen der vollständigen Ausschreibung

Postdoc Position - CDCS Computational Natural Sciences

The Center for Data and Computing in Natural Sciences which ist currently being formed invitest applications for a

Research Associate for "Computational Natural Sciences"

We are looking for a scientist* in the field of scientific computer science. Your tasks include the execution and consulting of research projects in the team in the above mentioned thematic priorities, especially themethodical conception, selection of suitable hardware and software systems, the sustainable implementation, validation and deployment including the writing of scientific publications, the representation of projects at conferences through lectures and poster contributions and the publication of contributions via social media channels.
 
The complete announcement can be found here.

Wissenschaftlichen Mitarbeitenden (m/w/d), Ph. D student, PostDoc

Einzelzell-Analysen führen zu enormen Datenmengen, die nur mithilfe von effizienten computer-gestützten Methoden ausgewertet werden können. Die moderne Medizin und genetische Forschung bietet spannende Anwendungsgebiete für talentierte Bioinformatiker/Bioinformatikerinnen, um noch viele der für die Gesellschaft überaus wichtigen, aber ungelösten Fragen zu beantworten.

Primär sind dazu fortgeschrittene Kenntnisse in Programmierung, Algorithmen und Biostatistik sowie des statistischen- und des maschinellen Lernens, aber auch der modernen Neurowissenschaft und Genetik erforderlich. Gemeinsam mit seinen internationalen Partnern arbeitet der Lehrstuhl für Klinische Bioinformatik an mehreren Studien zum Thema Gen-Expression im menschlichen Körper, im Alter, bei neurodegenerativen Krankheiten und der Erkennung bzw. Behandlung, z.B. durch künstliche Verjüngung.
Wir suchen kreative und motivierte Köpfe, die sich nahtlos in unser Team integrieren. 

Links: https://www.uni-saarland.de/fileadmin/user_upload/verwaltung/stellen/wissenschaftler/2020/W1796.2.pdf

Wiss. MA (m/w/d) in Bioinformatik für die Dauer von 4 Jahren

Die Abteilung Molekulare Immunologie untersucht Signalprozesse, die die angeborene und adaptive Immunantwort gegenüber Pathogenen und Allergenen steuern bzw. fehlsteuern. Um potentielle Zielstrukturen für therapeutische Interventionen zu identifizieren, kommen genomische (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) und proteomische (Massenspektrometrie) Hochdurchsatz-Techniken zum Einsatz. Hierzu sollen Workflows zur Analyse dieser Daten implementiert werden (z.B. auch Pathway Analysen, Gene Ontology). Erwünscht ist die Entwicklung einer eigenständigen Forschungstätigkeit, bspw. in Richtung humaner Genetik (krankheitsassoziierte SNPs, whole exome sequencing, GWAS) oder moderner Analyse-Verfahren (machine learning, artificial intelligence). Freude am interdisziplinären Arbeiten an der Schnittstelle zwischen Bio-Medizin und Informatik wird erwartet.

Tätigkeiten, Aufgaben: Eigenständiger Aufbau der Bioinformatik in der Abt. Molekulare Immunologie und Entwicklung eines eigenständigen Forschungsprofils. Analyse von Daten aus Hochdurchsatz-Experimenten wie z.B. RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq und Massenspektrometrie in enger Zusammenarbeit mit den experimentellen Arbeitsgruppen der Abteilung. Entwicklung, Implementierung und Anwendung von bioinformatischen Methoden bzw. Software zur selben Thematik. Eigenständige Erstellung von Publikationen und Einwerbung von Drittmitteln.

Voraussetzungen, Kenntnisse: Die/der promovierte Kandidat/in hat ein abgeschlossenes Hochschulstudium in Bioinformatik, Biologie, Biochemie, o.ä. Fundierte Kenntnisse und Erfahrung in Programmiersprachen und Umgebungen (z.B. R, Python, C++, Perl). Vorteilhaft sind Auslandserfahrungen sowie Erfahrungen in der Lehre und Betreuung von Studenten (Bachelor- und Master-Level) und in der Einwerbung von Drittmitteln. Es wird eine hohe Motivation zum wissenschaftlichen Arbeiten und Teamfähigkeit mit enger Verknüpfung zu den vor Ort befindlichen Forschungsverbünden erwartet. Da wir in einem internationalen Umfeld arbeiten, sind sehr gute Englischkenntnisse der Kandidatin/des Kandidaten in Wort und Schrift erforderlich.

Ihre Bewerbung richten Sie bitte mit den üblichen Unterlagen (Lebenslauf, Zeugnisse, Publikationsliste, Darstellung der Forschungsinteressen, Referenzschreiben) an:

Univ.-Prof. Dr. rer. nat.  Ingo Schmitz
Abteilung Molekulare Immunologie
ZKF2
Ruhr-Universität Bochum
Universitätsstraße 150
44801 Bochum

Gerne auch per E-Mail an: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Links: https://www.stellenwerk-bochum.de/jobboerse/wissenschaftlicher-mitarbeiter-mwd-bioinformatik-molekulare-immunologie-201113-422389

Bioinformatics PhD student (M/W/D), Heidelberg University Hospital

The working group of Clinical Bioinformatics at the University Hospital Heidelberg is looking for a 100% PhD student. The position is limited to 3 years. The salary is paid according to the German TV-L system (the salary agreement for public service employees).

The Medical Bioinformatics group works closely together with the Center for Molecular Pathology (MPZ) Heidelberg, one of the leading centers for molecular diagnostics in Europe. We work with cutting-edge technologies and state-of-the-art infrastructure and offer access to international research networks. The preferred candidate will work in an interdisciplinary and highly motivated team.

Project description:

Malignant tumors, besides cancer cells, include a microenvironment composed of stromal, immune, vascular and other cells. The project seeks to explore the cellular architecture of malignant tumors by the application machine learnings to digital tissue slides. Exploitation of the cellular composition and organization is expected to contribute to the development of new and better biomarkers for prediction of prognosis and of therapy response.

Tasks:

  • Method development for the analysis of histomorphological and of multispectral imaging digital tissue slides
  • Integration of digital tissue data, molecular high-throughput data and clinical-pathological data
  • Presentation of research results at meetings and conferences, contribution to paper writing

Profile:

  • Masters’ degree or equivalent degree in bioinformatics, informatics, computational biology or a related science
  • Excellent programming skills in at least one programming language, preferably R
  • Skills in big data analysis and machine learning
  • Enthusiasm to apply machine learning methods to the analysis of digital tissue slides, research experience in image analysis would be a plus 
  • Familiarity with concepts and data bases related to cancer research would be a plus
  • Proficiency in English speaking and writing, as well as good team and communication skills

For further Information please check the full job description or/and contact Ms Yvonne Reichelt via e-mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

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