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Stellenangebote

PhD student (m/f/d) in bioinformatics (TVöD E13, 100%)

The Department of Bioinformatics at the TUM School of Life Sciences is seeking a PhD student. The position is sponsored by Medigene AG. The candidate will develop computational tools and analyze NGS, proteomics, and transcriptomics data to support the development of innovative immunotherapies in close collaboration with the Immunology, Translational Medicine, and Mass Spectrometry groups at Medigene.

Your qualifications:
- A master degree in computational biology, bioinformatics, systems biology, computer science, or biology
- Good knowledge of bioinformatics and biology
- Familiarity with next-generation sequencing data analysis
- Familiarity with machine learning and statistics
- Strong programming skills (Java, python, R)
- Comfortable with the Linux/Unix environment, databases (MySQL)

Our offer:
Salary is in accordance with the German public service salary scale: TVöD E13 100% for 48 months. The position is available from September 1, 2021.

Your application:
Please send your CV and supporting documentation as one PDF file by e-mail to Prof. Dmitrij Frishman (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).
Further information: http://frishman.wzw.tum.de

As part of your application, you provide personal data to the Technical University of Munich (TUM). Please view our privacy policy on collecting and processing personal data in the course of the application process pursuant to Art. 13 of the General Data Protection Regulation of the European Union (GDPR) at https://portal.mytum.de/kompass/datenschutz/Bewerbung/. By submitting your application you confirm to have read and understood the data protection information provided by TUM.
Find out more about us at www.tum.de.


Bioinformatician (f/m/d) und Software Engineer/ Developer (w/m/d)

Bioinformatician (f/m/d):

https://sysmex.concludis.de/prj/shw/e140dbab44e01e699491a59c9978b924_0/5013/Bioinformatician_f_m_d.htm?b=0&stellort=8&lang=en_GB

Software Engineer/ Software Developer (w/m/d) für Software im Kontext von DNA-Sequenzierungsbasierter Krebs-Diagnostik:

https://sysmex.concludis.de/prj/shw/991327d63593b0ba2c45618bf81f6a64_0/4935/Software_Engineer_Software_Developer_w_m_d_fuer_Software_im_Kontext_von_DNA-Sequenzierungsbasierter_Krebs-Diagnostik.htm?b=0&stellort=8&lang=de_DE

Sysmex Europe GmbH    
Bornbarch 1
22848 Norderstedt, Germany
Phone +49 (40) 52726479
www.sysmex-europe.com

Linux System Administrator*in Schwerpunkt Scientific Computing

Stellenausschreibung Ref. #11-21017
Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) wurde 1817 gegründet und zählt zu den wichtigsten Forschungseinrichtungen rund um die biologische Vielfalt. An den elf Standorten in ganz Deutschland betreiben Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus über 40 Nationen modernste Forschung auf internationaler Ebene.
Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung und das LOEWE-Zentrum für Translationale Biodiversitätsgenomik suchen zum schnellstmöglichen Zeitpunkt am Standort Frankfurt eine*n
 
Linux System Administrator*in mit Schwerpunkt Scientific Computing (Vollzeit)
 
Das sind Ihre Herausforderungen
•       Planung und Pflege der wissenschaftlichen IT-Infrastruktur, insb. für die Bioinformatik und wissenschaftliche Datenbanken
•       Management der Plattformen (Linuxcluster) für wissenschaftliche Simulationen und Analysen
•       selbständige Planung und Pflege von Hard- und Softwarekomponenten für die mittel- und langfristige Archivierung von Forschungsdaten
•       Unterstützung der Nutzer*innen insb. aus den Bereichen Bioinformatik, Ökologie und Modellierung, wesentliche Verantwortlichkeiten sind u. a. die Installation und Konfiguration grundlegender Softwarekomponenten in enger Kooperation mit den Nutzer*innen im gesamten Lifecycle wissenschaftlicher Primärdaten (Acquisition, Kuration, Pre-/Post-Processing, Analyse) sowie das Management von Services für Data Sharing & Interoperability im Rahmen von Kooperationsprojekten
•       Unterstützung der Leitung bei der strategischen Entwicklung der wissenschaftlichen IT sowie bei der Beantragung von Drittmittelprojekten im Bereich Research Data Management und Forschungsdatenrepositorien
•       Beteiligung an wissenschaftlichen Projekten mit starkem IT-, Datenbanken-, oder Modellierungsbezug sowie Publikation der Forschungsergebnisse in internationalen Fachzeitschriften

Idealerweise verfügen Sie über
•       ein abgeschlossenes Studium – gerne auch mit Promotion - im Bereich Informatik, Mathematik, einem verwandten Studiengang oder einer Ausbildung zum/zur Fachinformatiker*in für Systemintegration
•       sehr gute Linux-Kenntnisse, bevorzugt im Kontext HPC/Mehrprozessorsysteme
•       gute Kenntnisse im Bereich Software Building & Deploying (z. B. make, cmake, maven)
•       gute Kenntnisse mit den üblichen Aufgaben der Systemadministration wie Einrichtung von Nutzerkonten, Verwaltung von Zugriffsrechten und Verzeichnisdiensten
•       Erfahrung in den Scriptsprachen (z. B. Python, Bash)
•       Erfahrung in der Inbetriebnahme von Soft- und Hardware Komponenten, z. B. der Einbindung von Storage-/Filesystemen (z. B. NFS)
•       Erfahrung mit Versionskontrollsystemen (z. B. Git)
•       Kenntnisse im Bereich Monitoringsysteme (z. B. Nagios, Ganglia), Software Container (z. B. Docker) sowie Research Data Management und Forschungsdatenrepositorien
•       Berufserfahrung im Bereich der Biodiversitäts- und Umweltforschung
 
Wir bieten Ihnen
•         eine attraktive und herausfordernde Tätigkeit in einer weltweit anerkannten Forschungseinrichtung
•         selbstständiges Handeln in einem internationalen, motivierten und professionellen Umfeld
•         Flexible Arbeitszeiten - ein vergünstigtes Jobticket - Unterstützung bei Kinderbetreuung oder bei der Pflege von Familienangehörigen (zertifiziert durch das „audit berufundfamilie“) - Dienstausweis in Verbindung mit kostenfreiem Eintritt in zahlreiche städtischen Museen – tariflich geregelte Jahressonderzahlung - betriebliche Altersvorsorge - tariflicher Urlaubsanspruch
 
Ort:                Frankfurt am Main
Beschäftigungsumfang:     Vollzeit (40 Stunden/Woche)
Vertragsart:             zunächst befristet für 2 Jahre
Vergütung:             nach TV-H (voraussichtliche Entgeltgruppe E 11 - 13)
 
Senckenberg strebt an, den Frauenanteil zu erhöhen. Qualifizierte Kandidatinnen werden daher besonders ermutigt, sich zu bewerben. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt. Senckenberg ist durch das „audit berufundfamilie“ zertifiziert.
 Sie möchten sich bewerben?
Dann senden Sie Ihre vollständigen und aussagekräftigen Bewerbungsunterlagen (Motivationsschreiben, Lebenslauf, Ausbildungs- und Arbeitszeugnisse) in elektronischer Form (als eine zusammenhängende PDF-Datei) bitte unter Angabe der Referenznummer #11-21017 bis zum 31.08.2020 an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder bewerben Sie sich direkt auf unserer Homepage über das Online Bewerbungsformular.
Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung
Senckenberganlage 25
60325 Frankfurt a.M.
E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
 
 Links: https://www.senckenberg.de/de/karriere/fachkraefte/#content-0003_2

Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in (m/w/d) in der Genominformatik

Die Arbeitsgruppe Genominformatik (Prof. Dr. Jens Stoye) an der Universität Bielefeld entwickelt und untersucht effiziente Algorithmen mit Anwendungen in Bioinformatik und Genomforschung. Aktuelle Arbeitsbereiche sind die Analyse von Hochdurchsatzsequenzierdaten, die komparative Genomik und die Pangenomik.

Die*Der Stelleninhaber*in soll Forschungstätigkeiten im Bereich der komparativen Genomik und der Pangenomik durchführen. Insbesondere soll das existierende Forschungsprogramm für Umordnungen in der Genreihenfolge (Genome Rearrangement) und daraus resultierende genomische Distanz- und Ähnlichkeitsmaße fortgeführt und mit pangenomischen Ansätzen kombiniert werden (ca. 75 %).
Die Mitarbeit im Rahmen der Lehre und Betreuung von Bachelor- und Masterstudierenden ist eine weitere Aufgabe (ca. 25 %).

Die Beschäftigung ist der wissenschaftlichen Qualifizierung förderlich.

Weitere Details finden sich auf der folgenden Webseite: https://uni-bielefeld.hr4you.org/job/view/669

Promotionsstelle Genominformatik -- https://uni-bielefeld.hr4you.org/job/view/669

PhD student in Bioinformatics / Computational Systems Biology (m/f/d, E13 TV-G-U, 65 %)

The Cluster Project ENABLE - Unraveling mechanisms driving cellular homeostasis, inflammation and infection to enable  new approaches in translational medicine is a newly established interdisciplinary research network, which has been initiated  jointly by the Goethe University Frankfurt, the Frankfurt Institute for Advanced Studies, the Fraunhofer Institute for Translational  Medicine and Pharmacology, the Georg-Speyer-Haus and the Max-Planck-Institute of Biophysics. The network recently received  funding by the State of Hesse and is looking to recruit among six other PhD students

1 PhD student in Bioinformatics / Computational Systems Biology (m/f/d, E13 TV-G-U, 65 %)

The positions are initially limited to three years.   The  Cluster  Project  strives  to  unravel  and  understand  selected  pathogenic  mechanisms  and  signaling  pathways  to  identify  disease-relevant critical targets for therapeutic intervention. The projects within the Cluster will focus on the areas of cellular  homeostasis,  infection  and  inflammation,  host-pathogen  interactions  and  cover  the  complete  range  from  molecular  mechanisms to translational clinical science, computational modelling, and economic analysis. ENABLE is well embedded in the  excellent research infrastructure at the participating universities and research institutions; all participating sites offer access to  state-of-the-art technologies, well-equipped laboratories, a vibrant scientific exchange and an internationally competitive scientific  training program. Details on the available projects can be obtained below from the respective group leaders; for overall information  to the Cluster Project, candidates can visit www.enable-frankfurt.de  

Candidates should have a first-class academic degree in bioinformatics or a bioinformatics-related discipline (Master’s degree or  equivalent  for  PhD  positions),  a  strong  background  in  bioinformatics,  network  analysis,  and  computational  systems  biology  (programming  skills  are  required)  and  be  highly  motivated  and  enthusiastic  to  join  the  fast-moving  and  internationally  highly  competitive field. Very good written and spoken English is expected.

As part of ENABLE, we offer tailored interdisciplinary training to all researchers in the network, a framework of common scientific  activities and a strong mentorship for future career development. PhD students will be affiliated with graduate schools of the  respective universities and research institutions to ensure a well-structured, first-class education.  The university and all institutes advocate equal rights for women and men and therefore urge women to apply. Handicapped  candidates are given preferential treatment with equal personal and professional qualifications.

Applicants  should  send  their  application  in  a  single  pdf-file  including  cover  letter,  CV,  scanned  academic  degrees,  list  of  publications and two references with contact details to

Prof. Dr. Ina Koch  
Molecular Bioinformatics  
Institute for Computer Science  
Goethe-University Frankfurt
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Please do not send any original documents as the application documents will not be returned.   Travel and application costs cannot be reimbursed.

Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in (Postdoc, Projekt INF) (w/m/d) (Vollzeitstelle, 13 TV-L)

Die Universität Duisburg-Essen sucht am Campus Essen am Zentrum für Medizinische Biotechnologie zum nächstmöglichen Zeitpunkt mit einer Vollzeitstelle

eine/n Wissenschaftliche/n Mitarbeiter/in (Postdoc, Projekt INF) (w/m/d) (Entgeltgruppe 13 TV-L)

für das Teilprojekt „Informationsmanagement und Informationsinfrastruktur“ (INF Projekt) des neuen biomedizinischen DFG Sonderforschungsbereichs SFB1430 „Molecular Mechanisms of Cell State Transitions“.

Inhaltliche Schwerpunkte sind neben allgemeinem Forschungsdatenmanagement das Arbeiten mit dem Elektronischen Laborbuch eLabFTW und der Software OMERO für Imaging-Daten. Das INF ist an der UDE eng mit den Research Data Services verknüpft und über German BioImaging eingebettet in eine rege deutschlandweite Community.

Die Stelle ist ab sofort zu besetzen und befristet bis 30.06.2025 (Ende erste Förderphase); bei erfolgreicher Verlängerung des SFB wird eine weitere Beschäftigung angestrebt. Die Bewerbungsfrist endet am 12.08.2021. 

https://www.uni-due.de/imperia/md/content/stellenmarkt/stellenangebote_an_universitaeten/wissenschaftliche_beschaeftigte_an_der_ude_oeffentlich/2020/aus_506-21_wiss._mit._sfb_1430_inf__heckmann_.pdf

 Für Rückfragen wenden Sie sich bitte an Frau Dr. Maike Müller, Universität Duisburg-Essen, Zentrum für medizinische Biotechnologie, 45117 Essen, Telefon 0201-183-3670, E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!.

Postdoctoral Position (m/f/d) in Bioinformatics

The Cluster of Excellence “Balance of the Microverse” at the Friedrich Schiller University Jena, Germany, combines expertise in life, material, optical and computational sciences to elevate microbiome studies from descriptive to hypothesis-driven and functional analyses. Our core mission is to elucidate fundamental principles of the interactions and functions in microbial communities in diverse habitats ranging from oceans and groundwater to plant and human hosts. We aim to identify the shared characteristics of disturbed or polluted ecosystems as well as infectious diseases on the microbiome level, and develop strategies for their remediation by targeted interventions. Our full spectrum of expertise in the physical and life sciences will be leveraged to address these important issues in natural habitats as well as synthetic arenas in a collaborative manner.
The research group of Prof. Dr. Thilo Figge
invites applications for a


Postdoctoral Position (m/f/d)


to conduct research on the project „Quantitative Analysis of Microbial Dynamics in Organ-on-Chip and Animal Models


Your responsibilities:
•          Implement algorithms for automated analysis of microscopy data, to provide a quantitative analysis of cell-cell interactions and to quantify microbial dynamics in model systems.
•          Contribute to the development of project direction, as the project evolves.
•          Produce high-quality written reports and draft papers.
•          Present your results at local meetings and national and international conferences.
•          Assist with training other researchers, including Masters’ and undergraduate project students, where required.
•          Assist with the teaching activities of the group where required.

Your profile
•          A highly motivated individual with knowledge in computer vision    
•          A PhD in theoretical physics, bioinformatics, computer science or closely related fields; candidates in the final stages of obtaining their PhD are eligible to apply
•          Desirable skills: experience in processing microscopy images using methods from both traditional image analysis as well as machine learning
•          Keen interest to work as a theoretician on the quantitative interpretation of experimental data generated within the interdisciplinary Microverse Cluster  
•          The ability to work creatively and independently towards developing your own research project
•          An integrative and cooperative personality with enthusiasm for actively participating in the dynamic Microverse community
•          Excellent English communication skills, both written and spoken

We offer:
•          A highly communicative atmosphere within an energetic scientific network
•          A comprehensive mentoring program and soft skill courses for early career researchers
•          Jena – City of Science: a young and lively town with a vibrant local cultural agenda

The two year full-time postdoctoral researcher position (100% TV-L E13) will be funded through the Excellence Strategy of the German federal and state governments. The Hans Knöll Institute Jena is an equal opportunity employer and part-time contracts can be discussed.
Applications in English should comprise a cover letter, a detailed curriculum vitae and copies of academic certificates. Selected applicants will be invited to a recruitment meeting in Jena on 30-31 August 2021.

Please familiarize yourself with the currently available postdoctoral projects (www.microverse-cluster.de) and the application process as described in the Online Application Portal. Please submit your application via the JSMC Online Application Portal, under the vacancy ID 06/2019 by 3rd August 2021: https://apply.jsmc.uni-jena.de/
https://www.microverse-cluster.de/en/jobs.html

Medizin-Informatiker/Medizinische Informationsmanager (m/w/d) in Teil- oder Vollzeit

Das Comprehensive Cancer Center Göttingen (G-CCC) der Universitätsmedizin Göttingen (UMG) sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt

Medizin-Informatiker/Medizinische Informationsmanager (m/w/d) in Teil- oder Vollzeit zunächst befristet auf 2 Jahre mit Option auf Verlängerung, Entgelt nach TV-L

Die Universitätsmedizin Göttingen (UMG) umfasst die Medizinische Fakultät und das Universitätsklinikum. Mit über 7.900 Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern ist die UMG der größte Arbeitgeber in der Region. Mehr als 65 Kliniken, Institute und Abteilungen stehen für eine qualitativ hochwertige Patientenversorgung, exzellente Forschung und moderne Lehre. Göttingen als Stadt der Wissenschaft liegt im Zentrum Deutschlands und die Universitätsmedizin ist vor Ort eingebunden in ein attraktives Netzwerk universitärer und außeruniversitärer Wissenschaftseinrichtungen.

Das UniversitätsKrebszentrum (G-CCC) ist ein interdisziplinäres Zentrum, unter dessen Dach alle onkologisch tätigen Kliniken und Institute der UMG vereint sind. Zusammen mit der Medizinischen Hochschule Hannover (MHH) fungieren wir als Comprehensive Cancer Center Niedersachsen (CCC-N) als eines der 14 Onkologischen Spitzenzentren, die von der Deutschen Krebshilfe gefördert werden.  

Detaillierte Informationen finden Sie auf unserer Homepage (https://gccc.umg.eu/).

Ihre Aufgaben:

  • systematische Weiterentwicklung des klinischen Dokumentationssystems
  • Konzepterstellung, Implementierung und Betreuung von Schnittstellen von digitalen Systemen u.a. der Bereiche Biobank und Klinisches Krebsregisters
  • Umsetzung von Kundenanforderungen von Partnerkliniken und Partnerpraxen in das klinische Dokumentationssystem
  • Datenmodellierung und Datenintegration strukturierter Daten verschiedener Quellen
  • Gestaltung und Verwaltung von Datenbanken

Ihr Profil:

  • erfolgreich abgeschlossenes Studium der Medizinischen Informatik, der Informatik mit Vertiefungsrichtung „Medizinische Informatik“ oder einer einschlägig vergleichbaren Qualifikation
  • schnelles und sicheres Einarbeiten in neue Datenmodelle
  • sicherer Umgang mit den MS Office-Produkten
  • sehr gute Kommunikationsfähigkeit in Wort und Schrift (Deutsch und Englisch)
  • Erfahrungen in der Erstellung von Projektplänen und Berichterstattungen
  • organisierte, selbstständige und teamorientierte Persönlichkeit mit Sinn für strukturiertes Arbeiten
  • Interesse an der Arbeit in einem interdisziplinären Team

Wünschenswert:

  • Programmierkenntnisse (z.B. SQL, Java, Javascript)
  • Erfahrungen mit CMS
  • Kenntnisse im Bereich medizinischer Daten (Onkologie)
  • Erfahrungen mit Tumordokumentationssystemen

 Unser Angebot:

 werden Sie Teil eines innovativen und aufgeschlossenen Teams, das Ihnen kollegiale Unterstützung bietet

  • eine interessante und abwechslungsreiche Tätigkeit mit einem hohen Maß an Eigenverantwortung
  • eine strukturierte, begleitete Einarbeitung innerhalb des Teams
  • die Förderung individueller Stärken und Kompetenzen im Rahmen unseres umfangreichen Fort- und Weiterbildungsprogramms
  • Gesundheit und Sport gefördert durch ein ausgezeichnetes betriebliches Gesundheitsmanagement
  • vielfältige interessante Benefits (u.a. eine attraktive Infrastruktur, Jobtickets, Sportangebote, betriebseigene Kindertagesstätte, Kinderferienbetreuung)
  • Vergütung nach TV-L mit allen Leistungen des Öffentllichen Dienstes wie z.B. betriebliche Altersversorgung
  • einen Arbeitsplatz in einer attraktiven, dynamischen und gleichzeitig historischen Stadt

Ihre Bewerbung richten Sie bitte ausschließlich per E-Mail im PDF-Format in einer Datei bis zum 31.07.2021 an:

Universitätsmedizin Göttingen
UniversitätsKrebszentrum Göttingen G-CCC
Maximilian Papendick
37099 Göttingen
Tel.: 0551-39 68020 (Sekretariat G-CCC)
E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
Web: https://gccc.umg.eu/

Wir bitten Sie um Verständnis, dass Fahrt- und Bewerbungskosten nicht erstattet werden können.

Computational Biologist /Bioinformatician (m/f/x)

The RCI – Regensburg Center for Interventional Immunology (foundation of public law) – researches and develops new immunotherapies for the treatment of tumours, autoimmune diseases, and transplant rejections.


The Next-Generation-Sequencing Core Facility (headed by Prof. Dr. Michael Rehli) supports the RCI researchers in high-throughput data generation, processing, analysis, visualisation, and interpretation as well as by providing IT infrastructure, software training, and consulting services. We are looking for a highly motivated and experienced


Computational Biologist /Bioinformatician (m/f/x)
reference number: MR-2021-1


with enthusiasm for academic research to join our team as a staff scientist. The position is full-time (40.1 hours per week) and is remunerated on the TV-L salary scale (EG 13 TV-L). The position can also be filled part-time.

Your responsibilities:
• Development of bioinformatics workflows and pipelines
• Supporting of RCI scientists in the processing, analysis, interpretation, and publication of transcriptomic and epigenomic next-generation sequencing (NGS) data
• Analysis and integration of multi-omics datasets for solving complex scientific questions
• Providing bioinformatics consulting and software training to junior researchers


Your Competencies:
• Academic degree (MSc / PhD) in a relevant field (e.g. Bioinformatics, Informatics, Computational Biology, Biostatistics, Data Sciences), preferably with a background in NGS analysis
• Experience in programming and/or analysing data (e.g. using R, Python, Perl, C++) as well as reproducible workflows and version control
• Knowledge of standard bioinformatics tools for analyzing and interpreting next-generation sequencing data
• Proficiency in spoken and written English
• Interest to communicate, to collaborate, to connect different scientific disciplines, and to contribute to multidisciplinary teams


We offer:
• An international research environment that offers exciting and diverse opportunities
• Perspectives for further scientific qualification
• Flexible working hours
• Three-year term, possibility of subsequent permanent employment after successful evaluation
• Flat hierarchies and short decision-making processes
• A highly motivated and cooperative team
• Job ticket, free parking spaces and much more


The Regensburg Center for Interventional Immunology targets to increase the share of women in the workforce. Therefore, qualified female candidates are explicitly encouraged to submit their applications. Moreover, the RCI advocates for the compatibility of family and career.

Disabled applicants with equal qualifications will receive preferential treatment within the recruitment procedure. Please refer to your disability status already in your application.

Please note that expenses that may arise in the context of an eventual job interview cannot be reimbursed.

For more information, please contact Prof. Dr. Michael Rehli (phone.: +49 941 944-38187). We are looking forward to your detailed application. Please apply via our homepage www.rcii.de or send your documents in one PDF file to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!, quoting the reference MR-2021-1.


Application deadline is August 5th, 2021.

Links: https://www.rcii.de/jobs/

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