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Data Engineer / Scientific Programmer

 

Immatics combines the discovery of true targets for cancer immunotherapies with the development of the right T cell receptors with the goal of enabling a robust and specific T cell response against these targets. This deep know-how is the foundation for our pipeline of Adoptive Cell Therapies and TCR Bispecifics as well as our partnerships with global leaders in the pharmaceutical industry. Operating from Tuebingen, Munich and Houston, we are committed to delivering the power of T cells and to unlocking new avenues for patients in their fight against cancer. For more detailed information, visit www.immatics.com.

We are currently seeking full- or part-time a

Data Engineer / Scientific Programmer*

to support our R&D team to develop innovative immunotherapeutic products for next-generation cancer therapy. You will work in Tuebingen (Germany) in an interdisciplinary environment with colleagues from research and clinical departments. Your analytical reasoning and action-oriented style as well as your organization and communication skills will contribute to the team’s success. This is a permanent position.

Your main responsibilities will include but are not limited to the following tasks:

• Integrate life science data from various assays (e.g. RNA-Seq and mass spectrometry) into the Immatics’ target discovery database XPRESIDENT®

• Extend our database and server infrastructure to enable Big Data acquisition and facilitate interactive analysis

• Design, implement, and maintain web interfaces for our in-house database and laboratory information management system

• Contribute to our in-house platform for data analysis that empowers our scientists to identify and validate targets for cancer immunotherapy

Your profile

You hold an MSc degree in Computer Science, Bioinformatics, or a related field. Ideally, you have gained insights into frontend, backend, and database development and Unix administration. Knowledge in database administration and user experience design is an advantage. You are interested in maintaining high code quality and you take careful testing and documentation for granted. 

We expect a high degree of independent working, analytical reasoning, and good communication skills in English. You embrace rapidly changing requirements with an open mind, think outside the box and show a high degree of flexibility in an environment which is marked by a constant striving for excellence. Your motivation is driven by your passion for innovation and science.

What we offer

We are a committed and inspired team and cherish the collegial, highly motivated, and family-friendly atmosphere within Immatics. Our culture allows for a high level of originality, independent thinking, and initiative. We believe in supporting our employees’ professional and social skills: We enable them to join conferences and trainings as well as to enjoy our Immatics benefits – e.g., job bike, job ticket, health programs, childcare benefits, relocation allowance, Company summer and winter events.

Link zur Onlinebewerbung https://immatics.jobs.personio.de/job/469338

 

Research Data Officer

 

Stellenausschreibung Ref.#01-21032

Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) wurde 1817 gegründet und zählt zu den wichtigsten Forschungseinrichtungen rund um die biologische Vielfalt. An den elf Standorten in ganz Deutschland betreiben Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus über 40 Nationen modernste Forschung auf internationaler Ebene. Hauptsitz der Gesellschaft ist die Mainmetropole Frankfurt im Herzen Deutschlands.

Für unseren Standort in Frankfurt am Main suchen wir im Rahmen des DFG-Projektes „CAMTRAPPER – Kamerafallenarchiv und öffentliches Portal für Analyse und Forschung“ zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine*n

Research Data Officer 

(in Teilzeit, 50%)

Das sind Ihre Herausforderungen

Sie sind Teil unseres Teams aus Wissenschaftler*innen und Software-Entwickler*innen zur Entwicklung eines Daten- und Analyseportals für Biodiversity Monitoring. Wir aggregieren umfangreiche Bild- und Videodaten aus weltweiten Kamerafallenprojekten zur Dokumentation der Biodiversität für Forschung und Naturschutz. Ein Modellprojekt in diesem Zusammenhang ist das Monitoring einer Jaguarpopulation in Bolivien und die Analyse der Daten mittels Bürgerwissenschaftler*innen (senckenberg.de/wild-live).

Im Rahmen Ihrer Beschäftigung tragen Sie zur wissenschaftlichen Konzeption des Projektes (Studiendesign, Datenmodellierung, Vorbereitung der Daten für Machine Learning, selbstständige Entwicklung von wissenschaftlichen Fragestellungen für Bürgerwissenschaftler), Bearbeitung der Forschungsfragen und Publikation der Ergebnisse bei. Darüber hinaus umfassen Ihre Aufgaben die wissenschaftliche und technische Datenkuratierung und -harmonisierung im ganzen Lebenszyklus der gewonnenen Forschungsdaten. Sie koordinieren die Einbindung externer Partner*innen (darunter Feldbiolog*innen und Bürgerwissenschaftler*innen, andere Institute) und übernehmen Aufgaben der Öffentlichkeitsarbeit.

 Sie überzeugen uns idealerweise mit:

•       einem abgeschlossenen wissenschaftlichen Hochschulabschluss (Master/Diplom) und mindestens dreijähriger Berufserfahrung oder einer Promotion der Fachrichtungen Biologie, Geographie mit Schwerpunkt Biodiversitätsmonitoring, Naturschutz, Makroökologie, Biodiversitätsinformatik oder einer vergleichbaren Qualifikation 

•       Grundkenntnisse in biologischer Taxonomie und Nomenklatur

• Kenntnissen im Management und der Analyse von Daten sowie der Datenprozessierung, vorzugsweise mit R, SQL und/oder Python

•       Erfahrungen mit Datenbanken und Datenportalen

•       Kenntnisse in der Einbindung von Bürger*innen in wissenschaftliche Fragestellungen (“Citizen Science”) sowie Erfahrung mit Kamerafallen-Projekten und Videodaten,

•   Erfahrung in der Öffentlichkeitsarbeit sowie die Bereitschaft zur Übernahme von Aufgaben im Bereich der Social Media 

•       sehr guten Deutsch- und Englischkenntnissen in Wort und Schrift

•       guten Team- und Kommunikationsfähigkeiten

 

Wir bieten Ihnen

•   eine attraktive und herausfordernde Tätigkeit in einer weltweit anerkannten Forschungseinrichtung 

•       selbstständiges Handeln in kleinen Projektteams mit flachen Hierarchien und hoher Eigenverantwortlichkeit  

•  flexible Arbeitszeiten – vergünstigtes Jobticket – familienfreundliche Arbeitsbedingungen (zertifiziert durch das „audit berufundfamilie“) – Dienstausweis in Verbindung mit kostenfreiem Eintritt in alle Senckenbergischen Museen sowie alle Museen der Stadt Frankfurt – tariflich geregelte Jahressonderzahlung – betriebliche Altersvorsorge

 

Ort: Frankfurt am Main

Vertragsart: befristet für die Dauer von 3 Jahren

Vergütung: E 13 TV-H

Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt.

Sie möchten sich bewerben? 

Dann senden Sie Ihre vollständigen und aussagekräftigen Bewerbungsunterlagen (Motivationsschreiben, aktueller Lebenslauf, Ausbildungs- und Arbeitszeugnisse) in elektronischer Form (als eine zusammenhängende PDF-Datei) bitte unter Angabe der Referenznummer #01-21032 bis zum 14.11.2021 an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder bewerben Sie sich direkt auf unserer Homepage über das Online Bewerbungsformular.

Für fachliche Rückfragen steht Ihnen Herr Dr. Martin Jansen unter der E-Mail-Adresse Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! gerne zur Verfügung.

 

Links: https://www.senckenberg.de/de/karriere/wissenschaftlerinnen/#content-0002_5

 

PhD-position (100 %) available for a period of three (3) years

At the Faculty of Medicine, Department of Biomedicine in the group of <a href="http://www.uib.no/en/rg/brenk">Professor Ruth Brenk</a> 

 (), a PhD-position (100 %) is available for a period of three (3) years. 

The position is part of the project RESPONsible early Digital Drug Discovery  RESPOND3: Towards better computational approaches and responsible innovation strategies in early drug discovery: application to antibiotics and COPD financed by The Research Council of Norway.

The <a href="https://www.digitallifenorway.org/research/respond3">RESPOND3 project</a> is part of the <a href="https://https://digitallifenorway.org/">Centre for Digital Life Norway</a> and is a cross disciplinary collaboration between research groups at the Centre for Advanced studies in Biomedical Innovation Law at the University of Copenhagen, the Department of Computing, Mathematics and Physics at the Western Norway University of Applied Sciences, the Department of Biomedicine at the Faculty of Medicine and at the Department of Chemistry at the Faculty of Mathematics and Natural Sciences at the University of Bergen. In total, the team is composed of 4 postdocs, 3 PhD students and five principal investigators covering medicinal chemistry, computational chemistry and biology, structural biology, mathematics, and law. The main focus of RESPOND3 is hit and lead optimization for targets for antibiotics (FMN riboswitch) and chronic obstructive pulmonary disease (proteinase 3) guided by the use of computational methods as well as the development of new scoring functions using machine learning. The entire project is embedded in a responsible research and innovation strategy.

The main objectives for the advertised PhD position are

- to derive data sets for the development of new scoring functions for protein-ligand interactions with machine learning methods

- to apply matching learning methods to derive a new scoring function for protein-ligand interactions

- to retro- and prospectively evaluate the derived scoring functions

- to design ligands with improved affinities for the targets in the RESPOND3 project

- to supervise master students

 

This PhD project will be conducted in collaboration with a group in Germany implying that this position will involve research stays in his lab.

 

 

For more details about the project and on how to apply, see <a href="https://www.jobbnorge.no/en/available-jobs/job/213099/phd-position-3-years">here</a>.

Fully funded PhD position - AI and computational molecular design

This position is part of a third-party funded project on the analysis and identification of fragments and the binding environments that should be used as starting points for the rational fragment-based design of new lead compounds with poly-pharmacological activities. The research includes:

• application of machine learning/AI for the development of target-specific scoring functions • chemical space enumeration for the development of virtual libraries based on promising fragments • application of structure-based and fragment-based design for the development of polypharmacology- based ligands The candidate will work on this project closely together with another PhD student who will apply biochemical methods and x-ray crystallography for the validation of proposed compounds.

https://www.uni-muenster.de/Rektorat/Stellen/ausschreibungen/st_20211308_sk1.html

PhD Student in the field of Bioinformatics (m/f/d)

The CKDNapp project (Chronical Kidney Disease Nephrologist’s app) is an interdisciplinary collaboration funded as e:Med junior consortium. The consortium develops a clinical decision support system to optimize the treatment of patients with chronic kidney disease (CKD). The project partners cover the fields of medicine, mathematics and computer science. In a previous large-scale study (German Chronic Kidney Disease, GCKD), metabolic and other biomarkers have been collected together with clinical information like therapy and patient outcome. Based on these and other data, we will develop a knowledge management system together with machine learning models to optimize treatment decisions.

 

Your tasks:

  • Implement methods for clinical decisions support
  • Integrate metabolic states with patient parameters and disease progress
  • Use and develop machine learning approaches
  • Develop services to provide the data for the front-end
  • Develop an application for use by the medical doctors
  • Implement an intuitive and easy-to-use front end for the app
  • Use the feedback of the medical doctors to improve the app

Your profile:

  • A master degree in bioinformatics, computer science, data science or similar
  • Fluent German and English spoken and written
  • Good knowledge of some programming languages, e.g. Python, Java, R or JavaScript
  • Some experience in front-end development
  • Basic understanding of biological and medical processes
  • Capability to communicate with people from other knowledge fields
  • Interest in interdisciplinary work
  • Enthusiasm to discover new fields

Our offer:

  • Work in an interdisciplinary project with young scientists
  • Student in the Dept. of Medical Bioinformatics with the opportunity for scientific exchange and insight into various bioinformatic fields
  • PhD study at the Göttingen Research Campus
  • Cooperation with the Helmholtz-Zentrum Munich and the University Medical Centers of Kiel and Freiburg
  • Place of embloyment: Göttingen
  • Contract type: Salary according to TVöD-Bund E13, 65% for 3 years

 

We strive to increase the proportion of women in areas where women are underrepresented and therefore expressly invites qualified women to apply. We are particularly committed to the professional participation of disabled people and therefore welcomes applications from disabled people. In the case of equal suitability, applications disabled persons will be preferentially considered in accordance with the relevant regulations.

We kindly ask you to indicate any disability/equality in your letter of application in order to protect your interests.

If you have any questions, please contact Dr. Jürgen Dönitz 0551 3914927

Please send your application until 21.10.2021 as PDF to:


Institut für Medizinische Bioinformatik,
Dr. Jürgen Dönitz
Goldschmitdtstr. 1
37077 Göttingen

E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

We would like to point out that submitting your application constitutes your consent under data protection law to the processing of your data as part of the application procedure.

 

Ph.D. position in bioinformatics of CRISPR-Cas RNAs

 

We are seeking a bioinformatics Ph.D. student for a project on CRISPR-Cas mechanisms.  The position is in the research group of bioinformatician Zasha Weinberg at Leipzig University in Leipzig, Germany, and is a collaboration with Chase Beisel's lab, which studies CRISPR-Cas at the Helmholtz Institute for RNA-based Infection Research, in Würzburg, Germany.


The discovery and understanding of CRISPR-Cas systems revealed, surprisingly, that bacteria and archaea also have adaptive immune systems.  Moreover, CRISPR-Cas enables many profound biotechnology applications, e.g. genome editing to cure genetic diseases.  The larger goal of our project is to better understand CRISPR-Cas mechanisms with a view to understanding unusual biology of CRISPR-Cas and to be able to better manipulate CRISPR-Cas for engineering applications.

Your role will be to computationally analyze CRISPR-Cas systems, especially in the context of RNA secondary structure, in order to evaluate and refine hypotheses, and to make predictions about the specific CRISPR-Cas systems that are most interesting for experimental study.  The position will also involve frequent close interaction with the Beisel lab, which will focus on experimental work that will complement the bioinformatics.

SKILLS AND QUALIFICATIONS

- A Master's degree or equivalent in bioinformatics or a related discipline (e.g., computer science, math, biology, biochemistry, etc) is required before beginning the Ph.D.
- Proficiency with UNIX and a scripting language, e.g., Python or Perl.
- Excellent written and spoken English.
- Strong background in bioinformatics and knowledge of statistics, and solid knowledge of molecular biology and biochemistry.
- Interest in understanding biology using computational approaches, and enthusiasm for basic science.

OTHER INFORMATION

- Ideal start date is January  2022, but start date is flexible.
- Salary is based on the TV-L pay rates, level E13, at 65%.
- The position is expected to run for 3 years, and is funded for this duration by the DFG (German Research Foundation).
- We are part of the bioinformatics division at Leipzig University, which is international and has a friendly working atmosphere.  A diverse range of research interests are represented, especially those related to RNA.
- Leipzig is a pleasant and affordable city, with lots of art and culture. In fact, it's the fastest-growing city in Germany (e.g., http://goo.gl/aPrpC9).

HOW TO APPLY

Electronic applications should be e-mailed to Zasha Weinberg (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!) and should include the following in PDF format:

-  A short summary of research interests (half a page),
-  Your Master's thesis (if complete/nearly complete) or an abstract of it (if still pending),
-  A copy of your transcript of records for university education (should list courses and grades, but does not have to be official or certified),
-  Curriculum vitae (CV) and
-  Names and contact information for one or, if possible, two references.
-  APPLICATIONS WILL BE EVALUATED AS SOON AS THEY ARE RECEIVED UNTIL THE POSITION IS FILLED.

Questions about the position can be e-mailed to Zasha Weinberg (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

 

Stichwort: How to apply
Link-Adresse: 
https://zashaweinberglab.org/jobs-thesis/

Wissenschaftliche Mitarbeiterin/Mitarbeiter („Doktorandenstelle“) E13 TV-L, 65 %

 

Wissenschaftliche Mitarbeiterin/Mitarbeiter („Doktorandenstelle“) E13 TV-L, 65 %

Am Institut für Bioinformatik der Universitätsmedizin Greifswald ist eine befristete Stelle über 3 Jahre zu dem Thema „ML approaches for integrative Multi-Omics“ zu besetzen. Das Projekt umfasst die Analyse von „Single-Cell Sequencing“, „Microbiome“ und „Mutational Signatures“ in Transkriptom- und Genom-Datensätzen. Neben der Auswertung von Hochdurchsatz-Datensätzen und deren Normalisierung geht es auch um Post-Hoc Analysen zur funktionellen Analyse und Identifizierung von Markergenen und deren Verknüpfung zu klinischen Daten und Umwelteinflüssen. Hierbei ist die Anwendung verschiedener Analysetools und deren Visualisierung und Aufbereitung ein Schwerpunkt. 

Ihre Aufgaben:

• Analyse von Single-Cell Sequencing Datensätzen

• Analyse von Microbiom Datensätzen

• Analyse von Regulatorischen Zusammenhängen on Transkriptom und Genomischen Signaturen

• Anwendung und Erstellung von R und Python Skripten zur Analyse und statistischen Auswertung

• Gene Set Enrichment und Pathway-Analysen

Unsere Anforderungen:

• Umgang mit Next Generation Sequencing Datensätzen (im besten Falle „Single-Cell Sequencing“)

• Übung in der Programmierung mit R und/oder Python

• Erfahrung in statistischer Auswertung

• Selbständiges Erarbeiten biologischer Hypothesen und Fragestellungen

• Erste Erfahrungen mit Maschinellen Lernmethoden

• abgeschlossenes Studium (Diplom oder Master) in Bioinformatik oder einem verwandten Studiengang

 

Aussagekräftige Bewerbungen mit allen relevanten Unterlagen bitte per E-Mail bis zum 10.12.2021 an Herrn Prof. Dr. Stefan Simm, Universitätsmedizin Greifswald, Institut für Bioinformatik (E-Mail bitte an das Sekretariat: bioinformatik{at}uni-greifswald.de oder persönlich: stefan.simm{at}uni-greifswald.de). 

Adresse: Center for functional Genomics of Microbes, Felix-Hausdorff-Str. 8, 17475 Greifswald 

 

PhD Students Bioinformatics and Systems Cardiology

Bioinformatics and Systems Cardiology at the Klaus-Tschira-Institute for Computational Cardiology / Department of Internal Medicine III of the University Hospital Heidelberg.

PHD STUDENTS

- CircTools 2.0 – one stop solution for circular RNA research

- Long Non-coding RNAs in podocyte disorders

More information:

https://www.klinikum.uni-heidelberg.de/en/zentrum-fuer-innere-medizin-medizin-klinik/innere-medizin-iii-kardiologie-angiologie-und-pneumologie/forschung/forschung/klaus-tschira-institut-fuer-computational-cardiology/jobs 

Stellenausschreibung Enzym-Informationssystem BRENDA

Für die Weiterentwicklung der BRENDA Enzymdatenbank wird ab sofort ein/e


Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in
im Bereich Bioinformatik/Biocomputing (m/w/d)
(Vollzeit – zunächst befristet bis 31.12.2022)


gesucht. BRENDA (www.brenda-enzymes.org) gehört zu den für den wissenschaftlichen Fortschritt
weltweit als essentiell begutachteten Datenbanken für die gesamten Lebenswissenschaften (ELIXIR
core data resource) und ist Teil des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik Infrastruktur de.NBI. Sie
wird am Braunschweiger Integrierten Zentrum für Systembiologie (BRICS) der Technischen
Universität Braunschweig entwickelt. Ihre Aufgaben umfassen die direkte Mitwirkung bei der
Neugestaltung und Weiterentwicklung der BRENDA Datenbank im Backend und Frontend und die
Betreuung der Webservices der BRENDA und der Webseite.

Werden Sie Teil des BRENDA-Teams und helfen Sie uns die Zukunft im Umgang mit
Forschungsdaten zu gestalten!

IHRE PERSON

  • Hochschulabschluss vorzugsweise in der Bioinformatik, Informatik, Biologie, Biochemie,
    Biotechnologie, Chemie oder einer verwandten Fachrichtung (Uni oder FH)
  • Erfahrungen im Bereich der Softwareentwicklung (PHP und/oder Python, idealerweise
    auch JavaScript/HTML/CSS) und im Datenbankdesign (idealerweise SQL)
  • Idealerweise Kenntnisse im Einsatz von (Server-) Betriebssystemen (Linux) und
    Virtualisierungstechnologien
  • Gute Deutsch- und Englischkenntnisse
  • Interesse am interdisziplinären Arbeiten


WIR BIETEN

  • Eine bis Ende 2022 befristete Stelle mit angestrebter Entfristung im Rahmen der
    Verstetigung von BRENDA vorbehaltlich der gesicherten Finanzierung.
  • Eine Vergütung je nach Qualifikation und Berufserfahrung bis Entgeltgruppe 13 TV-L. Der
    Arbeitsplatz ist grundsätzlich teilzeitgeeignet, sollte jedoch zu 100% besetzt werden.
  • Ein interdisziplinäres Arbeitsumfeld mit frequentem Erfahrungsaustausch
  • Motivierte Kollegen und ein angenehmes Arbeitsklima im wissenschaftlichen Umfeld
  • Viel Raum für Kreativität und herausfordernde Themenbereiche
  • Möglichkeiten der Weiter- und Fortbildung, Teilnahme an (inter)nationalen Tagungen
  • Flexible Möglichkeiten zur Vereinbarung von Beruf und Familie

Finden Sie sich in dieser Stellenbeschreibung wieder?Dann freuen wir uns über Ihre Bewerbung.


TU BRAUNSCHWEIG

Die Technische Universität Braunschweig ist das akademische Zentrum Braunschweigs, der
traditionsreichen »Stadt der Wissenschaft« inmitten einer der aktivsten Forschungsregionen Europas
und verfügt über eine traditionsreiche Architekturfakultät. Vollständige Ingenieurwissenschaften und
starke Naturwissenschaften sind Kerndisziplinen der TU Braunschweig, eng vernetzt mit Wirtschafts-
und Sozial-, Geistes- und Erziehungswissenschaften. Die TU Braunschweig ist Teil der TU9 - einem
Zusammenschluss der führenden technischen Universitäten Deutschlands. Die TU Braunschweig
fördert Vielfalt und Integration. Bewerbungen von Menschen mit vielfältigen kulturellen Hintergründen
sind herzlich willkommen. Bewerbungen können in deutscher oder englischer Sprache erfolgen.

Die TU Braunschweig strebt in allen Bereichen und Positionen an, eine Unterrepräsentanz i.S. des
NGG abzubauen. Daher sind Bewerbungen von Frauen besonders erwünscht. Schwerbehinderte
Bewerber*innen werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt. Ein Nachweis ist beizufügen.
Bewerbungskosten inkl. Fahrtkosten können nicht erstattet werden. Bitte haben Sie Verständnis
dafür, dass Bewerbungen nur gegen einen adressierten, ausreichend und frankierten Rückumschlag
zurückgesandt werden können. Zu Zwecken der Durchführung des Bewerbungsverfahrens werden
personenbezogene Daten gespeichert.

Senden Sie Ihre aussagekräftige Bewerbung mit den üblichen Unterlagen – bevorzugt digital – bis
zum 29.08.2021 an:

Melanie Pflug
BRICS
TU Braunschweig
Rebenring 56
38106 Braunschweig

Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Bei inhaltlichen Fragen wenden Sie sich an Dr. Meina Neumann-Schaal (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!).

Group Leader – Structural Systems Biology

Science Faculty, EMBL Heidelberg
 
The Structural and Computational Biology (SCB) Unit at EMBL Heidelberg pursues an ambitious research program in integrated structural and computational systems biology, bridging between various temporal and spatial scales, in line with EMBL’s next scientific programme from Molecules to Ecosystems. The SCB Unit seeks to recruit a highly motivated group leader in the area of structural systems biology to address fundamental questions in life sciences.
 
The position can be found by using the link below.
 
https://www.embl.org/jobs/position/HD02012
 
 

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