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Stellenangebote

Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in (m/w/d)

Die 1607 gegründete Justus-Liebig-Universität Gießen (JLU) ist eine traditionsreiche Forschungsuniversität. Inspiriert von der Neugier auf das Unbekannte ermöglichen wir rund 26.500 Studierenden und 5.700 Beschäftigten, Wissenschaft für die Gesellschaft voranzutreiben. Gehen Sie zusammen mit uns neue Wege und schreiben Sie Erfolgsgeschichten – Ihre eigene und die der Universität.

Unterstützen Sie uns ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt in Vollzeit als

Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in (m/w/d)

für das Fachgebiet Informatik

Die Stelle ist in dem drittmittelfinanzierten Projekt: „Deutsches Kompetenzzentrum Cloud-Technologien für Datenmanagement – und verarbeitung – de.KCD“ befristet für die Dauer von 31 Monaten längstens bis zum 30.11.2026 an der Professur für Systembiologie am Fachbereich Biologie und Chemie zu besetzen. Bei Vorliegen der tariflichen Voraussetzungen erfolgt die Vergütung nach Entgeltgruppe 13 TV-H.

Weitere Informationen finden Sie in der Stellenausschreibung: https://www.uni-giessen.de/karriere/stellenangebote/ausschreibungen/wissenschaftliche-mitarbeiter/174-08 

ERC-funded Bioinformatician Position

The Hiller Lab at the LOEWE Center for Translational Biodiversity Genomics (TBG) in Frankfurt, Germany is looking for a Bioinformatician to work on the BATPROTECT project to investigate the genomic basis of long healthspans, disease resistance and viral tolerance in bats.

BATPROTECT
is a 6-year funded ERC synergy grant project that will use bats as natural models of healthy aging and disease tolerance to elucidate the molecular mechanisms behind bat’s exceptional longevity and resistance to viral and age-related diseases. BATPROTECT brings together a team of global leaders in bat biology and ageing (Emma Teeling, Dublin), bat immunology and virology (Linfa Wang, Singapore), evolution and genomics (Michael Hiller, Frankfurt), and ageing model organisms (Bjoern Schumacher, Cologne) that will jointly investigate aging and immune responses in bats from the wild and captive colonies, discover genes with evolutionary importance for longevity and disease resistance, and functionally validate longevity and immune regulators in stem and differentiated cells of bats and model organisms, with the ultimate goal to uncover new directions to improve human healthspan and disease outcome.

The Project
The Bioinformatician will be responsible for the assembly of reference-quality genomes of more than one hundred bat species, for which we are generating PacBio HiFi and HiC data. For a few focal species, we also aim at generating a T2T assembly. The Bioinformatician will also work on analyzing transcriptomics data that we are sequencing in parallel for all target bat species, using this data and our homology-based methods (TOGA) to annotate the new genomes, generating whole genome alignments of bats and other mammals, and supporting the BATPROTECT project with other data processing and analysis tasks. The Bioinformatician will work closely with other Bioinformaticians at TBG, other members of the BATPROTECT team and the Hiller lab. We offer exchanges with the other BATPROTECT labs as well as yearly retreats with all project members.

Our lab
The mission of our group is to understand how nature's fascinating phenotypic diversity has evolved and how it is encoded in the genome. Work in the lab includes sequencing and assembly of reference-quality genomes, genome alignment and gene annotation, development and application of comparative genomic methods to discover differences in genes and gene expression, and the use of statistical approaches to link phenotypic to genomic changes [1-10]. Our lab is part of TBG (https://tbg.senckenberg.de/) and Senckenberg Research Society, and is based near the city center of Frankfurt am Main, Germany. TBG provides access to cutting-edge computational (large HPC clusters, genome browser) and lab infrastructure to sequence genomes. English is the working language in our lab. Senckenberg and TBG provide flexible working hours, an annual special payment, a company pension scheme, the Senckenberg badge for free entry in museums, the zoo, botanical garden and Palmengarten, and a leave of 30 days per year. Frankfurt is a vibrant and highly-international city at the heart of Europe that combines a skyscraper skyline with ample park and green areas. The Economist 2022 index ranked Frankfurt among the top 10 most livable cities worldwide.

Your profile
- A Master-level degree in bioinformatics / computational biology, genomics or a related area. A PhD degree is an advantage, but not strictly required. - Excellent programming skills in a Linux environment as well as experience with shell scripting and Unix tools. - Previous experience in genome assembly and ideally genome annotation.

Place of employment: Frankfurt am Main Working hours: full time (40 hours/week) / part-time options are available Type of contract: initially limited for 2 years, but ERC funding is available for a total of 4 years
Start date: flexible but should ideally be in late spring 2024. Salary and benefits: according to the collective agreement of the State of Hesse (pay grade E13)

Senckenberg is committed to diversity. We benefit from the different expertise, perspectives and personalities of our staff and welcome every application from qualified candidates, irrespective of age, gender, ethnic or cultural origin, religion and ideology, sexual orientation and identity or disability. Women are particularly encouraged to apply, as they are underrepresented in the field of this position; in the case of equal qualifications and suitability they will be given preference. Applicants with disabilities (“Schwerbehinderung”) will be given preferential consideration in case of equal suitability. Senckenberg actively supports the compatibility of work and family and places great emphasis on an equal and inclusive work culture.

How to apply
Please send us your application documents containing - a CV with publication list and contact information for at least two references - a summary of previous research experience (max 1 page) - and copies of certificates, transcripts and grades) in electronic form (as a coherent PDF file) by March 22, 2024 to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! quoting the reference number #12-24001, or apply through the online application form on our homepage.

Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung
Senckenberganlage 25
60325 Frankfurt a.M.
E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

For more information please contact Prof. Dr. Michael Hiller, Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! or visit the lab webpage https://tbg.senckenberg.de/hillerlab/. For more information about the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung, please visit www.senckenberg.de.

Bioinformatiker*in als Wiss. Mitarbeiter*in (m/w/d)

Bioinformatiker*in als Wiss. Mitarbeiter*in (m/w/d) für den Zeitraum bis zum 31.12.2025 (Projektende) mit 39,83 Wochenstunden (TV-L E13)

Das Medizinische Proteom-Center ist eines der führenden Institute für die Proteom- und Proteinanalytik. Seit 2019 ist es als Kompetenzbereich „Medizinische Proteomanalyse“ Teil des Forschungsbaus „PRODI –molekulare Protein-Diagnostik“. Der Forschungsbereich "Medizinische Bioinformatik" betreibt Forschung im Bereich Bioinformatik der Proteomik und wertet quantitative Proteom-Daten statistisch mit eigenen Tools und Algorithmen aus.

Im Rahmen des Forschungsprojektes CONFUSED wird die einzustellende Person massenspektrometrisch gemessenen Spektren von Plasma und Blutzellen unter Verwendung neuster Datenanalyse-Software auswerten und mithilfe von statistischen Methoden quantitative Ergebnisse über Peptid und Protein-Verhältnissen erschließen. Mit Zugabe von klinischen Zusatzdaten soll unter Verwendung von multivariaten Methoden, wie beispielsweise Klassifikationsmodellse (KI), eine vorzeitige Vorhersage für das Auftreten eines postoperativen Delirs erarbeitet werden. Das Ziel des Projekts ist eine frühzeitige Diagnose um mögliche Risikopatienten identifiziert zu können.

Ihre Aufgaben:
* Auswertung oder Implementierung einer automatisierten Analyse-Workflows von massenspektrometrisch gemessenen Daten * Bioinformatische und statistische Analyse von Proteomik-, klinischen- und weiteren *Omik-daten * Verwendung von multivariaten Methoden für die Erstellung eines Klassifikators, um Risikopatienten zu identifizieren* Formulierung von Projektberichten und Mitarbeit an wissenschaftlichen Publikationen * Nach ausführlicher Einarbeitung, selbstständiges Einarbeiten in weitere Themen in der Proteomik-basierten Bioinformatik wie weitere/neuere Peptid-Suchmaschinen/Quantifizierungs-Methoden oder Machine Learning

Ihr Profil:
* Sie haben ein abgeschlossenes Studium (Diplom/Master) der (Bio-)Informatik, Statistik oder eines vergleichbaren Studiengangs. * Außerdem haben Sie Kenntnisse und/oder Erfahrungen in den folgenden Bereichen der wissenschaftlichen Datenanalyse im Bereich der Lebenswissenschaften: - Algorithmen, Methoden und Anwendung von statistischen Verfahren für die Auswertung von großen Datenmengen - Multivariate Methoden für die Klassifizierung, wie Regression, SVM, aber auch weitere KI-Modellen - Programmierung in mindestens einer der Programmiersprachen: Python, R oder einer vergleichbaren Skriptsprache - Erfahrung in Datenverarbeitung und -visualisierung von Spektren-Datensätzen (wünschenswert) - Erfahrung mit typischen Methoden in der Bioinformatik der Proteomik (z.B.: Target-Decoy-Approach) (wünschenswert) - Freude am selbstständigen Einarbeiten in neue und aktuelle Themen in der Proteomik und Massenspektrometrie (wünschenswert)

Wir bieten:
* ein freundliches und kollegiales Umfeld * ein dynamisches Umfeld * einen modern ausgestatteten Arbeitsplatz * umfangreiche Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten * Arbeit in einem hochrelevanten klinischen Forschungsprojekt

Weitergehende Informationen:
Erfolgt die Finanzierung bei der Einstellung ausschließlich von externen Drittmittelgebern, besteht für die Beschäftigten keine Verpflichtung zur Übernahme von Lehrverpflichtung.
In Auswahlgesprächen besteht auf Wunsch der sich bewerbenden Person (m/w/d) die Möglichkeit der Beteiligung des Personalrats. https://www.wpr.ruhr-uni-bochum.de/

Umfang: Vollzeit Dauer: befristet Beginn: nächstmöglich, Bewerben bis: 11.03.2024

Ansprechpartner/in für weitere Informationen: Dominik Lux, Tel.: +49234 32 18110
Karin Schork, Tel.: +49234 32 18076

Fahrtkosten, Übernachtungskosten und Verdienstausfall bzw. sonstige Bewerbungskosten für Vorstellungsgespräche können leider nicht erstattet werden.
Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung unter Angabe der ANR 2908 bis zum 11.03.2024 per E-Mail an folgende Adresse: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! 

https://jobs.ruhr-uni-bochum.de/jobposting/a0e152b7739413be0d1ef2bea8b1e5b59c88c8e40?ref=homepage 

Single-Cell RNA-Seq Data Analysis: A Practical Introduction in Berlin

Master the tools and techniques to confidently analyze single-cell RNA-seq data and gain new insights into complex biological systems

In a nutshell

 

  • Explore sequencing technologies for single-cell analysis
  • Process QC and analyze single-cell RNA-seq data
  • Learn how to identify and annotate cell clusters
  • Discover how to integrate and analyze multi-sample data

The Single-Cell RNA-Seq Workshop is designed to provide a thorough introduction to the analysis of single-cell RNA sequencing data. Through a combination of lectures and hands-on exercises, participants will learn how to process, analyze and integrate single-cell data using industry-standard tools and techniques. Topics covered include sequencing technologies, data quality control, preprocessing, dimensional reduction, clustering, trajectory inference, differential expression analysis, and multi-sample integration.

By the end of the workshop, attendees will have the skills and confidence to perform custom analyses and gain new insights into complex biological systems. This workshop is ideal for researchers and students with little or no prior experience in single-cell RNA-seq analysis, as well as those seeking to update their skills and knowledge.

 


Links: https://www.ecseq.com/workshops/workshop_2023-07-Single-Cell-RNA-Seq-Data-Analysis

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