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Doktorarbeit Bioinformatik NGA Analyse bakterieller Zoonosen

Details: Veröffentlicht: Dienstag, 15. Mai 2018 07:39

Das FLI ist als selbstständige Bundesoberbehörde und Forschungsinstitut im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft auf den Gebieten Tiergesundheit, Tierernährung, Tierhaltung, tiergenetische Ressourcen und Tierschutz tätig.

Am Standort Jena ist im Institut für bakterielle Infektionen und Zoonosen zum nächstmöglichen Zeitpunkt die Stelle

einer wissenschaftlichen Mitarbeiterin / eines wissenschaftlichen Mitarbeiters (Doktorandin/Doktorand) im Bereich Bioinformatik

mit 65% der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit, befristet für 36 Monate zu besetzen. Der Abschluss des Arbeitsverhältnisses erfolgt auf der Grundlage der Bestimmungen des Tarifvertrages des öffentlichen Dienstes (TVöD) und die Eingruppierung bei Erfüllung der tariflichen Voraussetzungen in die Entgeltgruppe 13 TVöD, Tarifgebiet - Ost.

Aufgaben:
Implementierung von Pipelines zur automatische Vorverarbeitung von Whole Genome Sequencing(WGS)-Daten aus Isolaten von Salmonellen und Campylobacter Spezies mit den Zielen:

1.     Genotypisierung zur Ausbruchsaufklärung

2.     Charakterisierung von Plasmiden

3.     Vorhersage von Antibiotikaresistenzen

4.     Bestimmung von genetischen Ursachen für Resistenzen

5.     Auswertung von Metagenomdaten

Anforderungen:

    Abgeschlossenes Hochschulstudium der Bioinformatik, Systembiologie, Computational Biology oder verwandter Fachrichtungen
    Kenntnisse im Bereich der bioinformatischen Programmierung (Snakemake, Shell,R/Python/Perl etc.)
    Sehr gute Kenntnisse der englischen Sprache in Wort und Schrift

Von Vorteil sind:

    Erfahrung im Umgang mit Linux Rechnern
    Erfahrung in der Analyse von WGS-Daten (Spades, Prokka…) und Metagenomdaten (Kraken, Metaphlan…)
    Erfahrung mit Verfahren zur Genotypisierung (cgMLST, canonical SNPs…)
    Erfahrung in der Vorhersage von Plasmiden (plasmidfinder,…) und von Resistenzen (resistancefinder, CARD…)

Wir bieten mit der Bearbeitung der Thematik das Erlernen von praktischen Fähigkeiten zur Vorverarbeitung und Interpretation von großen Datensätzen, sowie die Möglichkeit bei der Bekämpfung gefährlicher Infektionskrankheiten beizutragen und die Möglichkeit der Promotion an der Fakultät für Mathematik und Informatik der Friedrich-Schiller-Universität Jena.

Die Tätigkeit beinhaltet den Einsatz im Sicherheitsbereich, was eine Sicherheitsüberprüfung gem.Sicherheitsüberprüfungsgesetz (SÜG) und besondere Schutzvorkehrungen vor Gesundheitsgefahren erfordert. Die persönliche und gesundheitliche Eignung ist daher Voraussetzung für die Stellenbesetzung. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt; von ihnen wird nur ein Mindestmaß an körperlicher Eignung verlangt.

Nähere Auskünfte erteilt Dr. Linde, Tel.: 03641-804 2320 oder E-Mail: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Schriftliche Bewerbungen mit aussagefähigen Unterlagen werden unter der Kennziffer 18/18 bis zum 31.05.2018 an das Friedrich-Loeffler-Institut, Fachbereich Personal, Postfach 1318 in 17466 Greifswald - Insel Riems erbeten. Bewerbungen per E-Mail werden nur berücksichtigt, wenn sie als PDF-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! gesandt werden. Bitte unbedingt den folgenden Betreff angeben: Stelle 18/18.

(Bio-)Informatikerin/(Bio-)Informatiker Computational Proteomics [Ruhr-Universität Bochum]

Details: Veröffentlicht: Dienstag, 15. Mai 2018 07:37

Die Medizinische Bioinformatik des Medizinischen Proteom-Centers / Ruhr-Universität Bochum sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt

eine (Bio‑)Informatikerin / einen (Bio‑)Informatiker.

Für nähere Informationen besuchen Sie bitte die folgende Webseite:
https://www.stellenwerk-bochum.de/jobboerse/wissenschaftl-mitarbeiterin-bio-informatikerin-bio-informatiker-bo-2018-04-17-178410

Wissenschaftlichen Mitarbeiterin/ Mitarbeiters (PostDoc) (E13 TV-G-U) [Goethe Universität Frankfurt]

Details: Veröffentlicht: Mittwoch, 02. Mai 2018 11:34

In der Abteilung für angewandte Bioinformatik am Institut für Zellbiologie und Neurowissenschaft des Fachbereichs Biowissenschaften der Goethe Universität Frankfurt ist zum 01.07.2018 die Stelle einer/eines

wissenschaftlichen Mitarbeiterin/ Mitarbeiters (PostDoc)
(E13 TV-G-U)

befristet für 3 Jahre im Projekt “Evolution und Funktion von Spezies-Interaktionsnetzwerken am Beispiel symbiotisch lebender Pionierarten” zu besetzen.

Das Projekt ist in das neu gegründete Loewe-Zentrum für "Translationale Biodiversitätsgenomik“ (LOEWE-TBG) eingebettet. Das LOEWE-TBG ist ein Forschungszusammenschluss der Senckenberg Gesellschaft für Forschung (SGN), der Goethe-Universität Frankfurt, der Justus-Liebig-Universität Gießen und dem Fraunhofer Institut für Molekularbiologie und angewandte Ökologie IME mit dem Ziel, die biologische Vielfalt der Genomik in der Grundlagenforschung und der angewandten Forschungsarbeit zu verstärken.

Die Vergesellschaftung von Organismen in Symbiosen ist ein weit verbreitetes und evolutionär sehr erfolgreiches Konzept zur Optimierung der Ressourcennutzung in einem Lebensraum. Eine präzise Abgrenzung solcher Lebensgemeinschaften sowie ein mechanistisches Verständnis der Symbiose ist häufig schwierig, da symbiotische Gesellschaften vielfach zusammen mit anderen, unbeteiligten Arten in komplexen Ökosystemen leben. In diesem Projekt fokussieren wir deswegen auf Pionierarten, die am Anfang der Besiedelung neuer und unbelebter Lebensräume wie z.B. Fels oder Lavafelder stehen. Im Zuge des Projekts soll die genomische Basis solcher, durch ihren Pionier-Status eng abgrenzbarer Metaorganismen, charakterisiert werden. Hierzu werden die entsprechenden Genome sequenziert und annotiert, und Geninteraktionsnetzwerke mit einem Schwerpunkt u.a. auf Stress-Resistenz werden insbesondere mit korrespondierenden Daten aus verwandten Arten ohne Pionierstatus verglichen. Die daraus resultierenden Einblicke in die funktionellen und evolutionären Besonderheiten symbiotischer Gemeinschaften sollen dann Rückschlüsse über Art, Ausmaß und Nutzen der symbiotischen Interaktion liefern.

Einstellungsvoraussetzungen:

- Promotion in Bioinformatik, evolutionärer Biologie oder verwandter Themen

- Einschlägige theoretische und praktische Kenntnisse in der vergleichenden Genomik und/oder funktionellen oder evolutionären Sequenzanalyse

- Erfahrung in der de novo Assemblierung und Annotation eurkaryotischer Genome und Transkriptome

- Programmierkenntnisse in mindestens einer der folgenden Sprachen: Python, Perl, Java, C, C++, R

Ihre Bewerbung senden Sie bitte mit Anlagen (Lebenslauf, Kopien aller Universitätsabschlüsse und Schulzeugnisse, zwei Referenzschreiben, eine Publikationsliste) bis zum 15.05.2018 in elektronischer Form an Prof. Dr. Ingo Ebersberger (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!), Goethe Universität, Institut für Zellbiologie und Neurowissenschaft, Abteilung für angewandte Bioinformatik, Max-von-Laue Strasse 13, 60438 Frankfurt am Main.

Die Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main ist mit über 46.000 Studierenden und rund 4.600 Beschäftigten eine der größten Hochschulen in Deutschland. 1914 von Frankfurter Bürgern gegründet und seit 2008 wieder in der Rechtsform einer Stiftung besitzt die Goethe-Universität ein hohes Maß an Eigenständigkeit, Modernität und fachlicher Vielfalt. Als Volluniversität bietet die Goethe-Universität Frankfurt auf fünf Campus in insgesamt 16 Fachbereichen 100 Studiengänge an und besitzt gleichzeitig eine herausragende Forschungsstärke.

Die Befristung der wissenschaftlichen Mitarbeiter richtet sich nach den Regelungen des Wissenschaftszeitvertragsgesetzes in Verbindung mit dem Hessischen Hochschulgesetz.

Die Universität tritt für die Gleichberechtigung von Frauen und Männern ein und fordert deshalb nachdrücklich Frauen zur Bewerbung auf. Menschen mit Behinderungen werden bei gleicher Qualifikation vorrangig berücksichtigt.

Modeling causal interactions between marine microbes

Details: Veröffentlicht: Montag, 16. April 2018 15:27

The Department of Marine Microbiology and Biogeochemistry (MMB; Principal Investigator Dr. Julia Engelmann), is looking for a highly motivated PhD student with a background in bioinformatics, computational biology, molecular ecology, computer science, (bio-)statistics, applied mathematics or physics with an interest in microbiology; or a PhD student with a background in microbiology, marine science or related fields with strong computational skills.

THE RESEARCH

The research team of dr. Julia Engelmann applies bioinformatic and network biology approaches to marine genomic, meta-barcoding, meta-genomic and transcriptomic data. Rather than merely describing which microbial species are present at a given location, we want to find out how the individual species interact and form communities, for example by providing nutrients to each other. We use modern network modeling techniques to infer these interactions. The PhD student will be trained in applying and improving on network methodology.

THE PROJECT

The project is concerned with elucidating marine microbial inter-species interactions based on high-throughput genomic data by applying network modeling. Microbes in the oceans, sediment and in microbiomes of higher organisms, form communities which keep the element and nutrient cycles in the seas and on land running. Different microorganisms have different metabolic capabilities. The product of one species can be the substrate for another. Besides dependencies based on individual nutrients, more complex interactions, such as symbiosis, predator-prey and competition for limited resources among marine microbes, will be elucidated in this project. Moreover, the impact of changing environmental conditions due to climate change on microbial communities will be assessed. To do so, causal network modeling will be applied to microbial abundance data and measurements of environmental parameters such as temperature and salinity to predict causal effects of species and environmental parameters on other species. Follow-up experiments in the lab will be used to validate the interactions.

THE CANDIDATE

We like to get into contact with a PhD student holding an MSc degree in Bioinformatics, Computational Biology, Computer Science, Mathematics, (Bio-)Statistics, Physics, Microbiology, Molecular Biology, Microbial Ecology or related fields. You are highly organized, motivated, and fluent in oral and written English.

Experience with Unix is mandatory. Candidates need to have a proven record of their bioinformatics and programming skills. Candidates with good command of R, Bash and Python are preferred. If your background is in Biology-related fields, you will need to catch up with some mathematics and statistics. The ideal candidate also has experience in the analysis of high-throughput genomic data, including metagenomic data.

CONDITIONS

Employment of this position at Royal NIOZ is by NWO (The Netherlands Organization of Scientific Research). We offer a position for 4 (fulltime) years with an excellent salary, a pension scheme, a holiday allowance of 8% of the gross annual salary, a year-end bonus, and flexible work arrangements. You may expect attractive secondary employment conditions. We offer generous relocation expenses for employees coming from abroad and support with finding accommodation.

MORE INFORMATION

https://www.workingatnioz.com/our-jobs/phd-student-%E2%80%9Cmodelling-causal-interactions-between-marine-microbes%E2%80%9D.html

Interviews will be held on Texel on May 31st, 2018.

Postdoc Bioinformatik [Uni Greifswald]

Details: Veröffentlicht: Freitag, 06. April 2018 07:13

Am Institut für Bioinformatik der Universitätsmedizin Greifswald ist 
nächstmöglich zu besetzen:

2 Postdoktoranden Bioinformatik oder mathematische Modellierung (m/w)
Vergütungsgruppe E13 in Vollzeit 
Zunächst befristet für zwei Jahre mit der Möglichkeit der Verlängerung 

Die Befristung richtet sich nach dem Landeshochschul- und 
Wissenschaftszeitvertragsgesetz.

Anforderungen: 

Herausragende Promotion im Bereich der Biomathematik, Bioinformatik, 
Systembiologie, der mathematischen Modellierung biologischer Systeme, Physik 
oder verwandten Gebieten, sowie Erfahrung in interdisziplinärer Zusammenarbeit 
mit experimentellen biologischen und klinischen Kooperationspartnern. 

Das Institut für Bioinformatik kooperiert eng mit biologischen und klinischen 
Kooperationspartnern. Schwerpunkte der Arbeit liegen dabei in der Entwicklung 
und Analysen von Modellen von viralen und bakteriellen Infektionen und der 
zellulären Immunantwort, sowie in der integrativen OMICs-Datenanalyse im 
Kontext von klinischen und biomedizinischen Studien mit Methoden des 
maschinellen Lernens. Vom Stelleninhaber wird eine eigenständige und aktive 
Mitarbeit in laufenden Forschungsprojekten in einem dieser Gebiete erwartet 
ebenso wie die Bereitschaft, neue Forschungsprojekte und wissenschaftliche 
Kooperationen in Arbeitsgebiet des Instituts zu initiieren und durchzuführen. 

Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen werden erbeten per Email an 
Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Links: http://www.kaderali.org/jobs.html

Postdoctoral Position (m/f) in Bioinformatics DNA Damage in Cancer

Details: Veröffentlicht: Mittwoch, 04. April 2018 08:03

Employer

BioMed X Innovation Center, Im Neuenheimer Feld 515, 69120 Heidelberg, Germany

About BioMed X

The BioMed X Innovation Center is an exciting collaboration model at the interface between academia and industry. At our center, distinguished early career scientists recruited from all over the world are working jointly on novel pre-clinical research projects in the fields of biomedicine, molecular biology, cell biology, diagnostics, and consumer care. These interdisciplinary project teams are conducting groundbreaking biomedical research in an open innovation lab facility on the campus of the University of Heidelberg, under the guidance of experienced mentors from academia and industry while expanding their scientific network.

What we are looking for

A postdoc position is available in the team of “DNA Damage in Cancer” at the BioMed X Innovation Center in Heidelberg. The main aim of the group is to understand the mechanisms of synthetic lethality in cancer and find novel targets that will be relevant in tumor therapy. We are looking for a highly-motivated researcher with experience in bioinformatics and statistics and with a proven track record in next-generation sequencing data analysis. You will contribute to data driven cancer research and complement an internationally competitive research group employing high-throughput genetic screens in combination with cutting-edge cellular and molecular biology tools. You will be responsible from analysis of a wide range of NGS-based data, including large scale genome-wide synthetic lethality screens, mutation profiling and RNA sequencing.

Required skills

PhD in the area of bioinformatics, computational biology, systems biology, biostatistics or a related field
Experience in mining, integration and analysis of multiple next-generation sequencing data sets and profound knowledge of NGS algorithms and software
Experience with mining and working with large scale datasets (e.g. TCGA, ICGC)
Strong proficiency in retrieving and analyzing high-throughput datasets, in particular R and Python
Very good work organization skills and the ability to work independently
Experienced to work in interdisciplinary teams
Excellent communication skills in English

Additional preferred skills

Experience in high throughput screening methods

Candidates are requested to submit

1-page cover letter explaining the reasons of interest to join our team
Curriculum Vitae summarizing technical skills, personal goals and extra-scientific passions
2 reference names

What we offer

The post is offered for a limited term until 30 October 2020. BioMed X is a multidisciplinary and international research institution with a very collegial and flexible working environment. As part of the remuneration package we offer a competitive salary, access to training and lecture courses in house as well as in neighboring research institutions on the Life Science Campus in Heidelberg. Team recognition events, such as our annual two-day retreat, joint luncheons and after work events, a Summer and a Christmas party are just some of the other perks our fellows enjoy.

The position is sponsored by Merck.

The position is available from 1st May 2018. Please submit your application to the attention of Dr. Balca Mardin until 30th April 2018 via our online application system at https://bio.mx/apply/job/2018-J05. Applicants will be interviewed upon incoming documents, hence please get in touch as soon as you decide to apply.

Contact

BioMed X Innovation Center
Im Neuenheimer Feld 515
69120 Heidelberg
Germany

Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!
Internet: www.bio.mx

Postdoctoral Position (m/f) in Bioinformatics Brain Microcircuits and Psychiatric Diseases

Details: Veröffentlicht: Mittwoch, 04. April 2018 08:02

Employer

BioMed X Innovation Center, Im Neuenheimer Feld 515, 69120 Heidelberg, Germany

About BioMed X

What we are looking for

A postdoctoral position in neurobiology is available in the team of “Brain Microcircuits in Psychiatric Diseases” at the BioMed X Innovation Center in Heidelberg, Germany. The main aim of the group is to understand biological correlates of phenotypes related to human psychiatric diseases. We are looking for a highly enthusiastic scientist to broaden our think-tank with her/his intellectual power and technical excellence. You will contribute to an internationally competitive research group employing advanced behavioral, genetic and functional approaches to understand the mechanisms of glial cell contribution to dysfunction of neuronal networks. You will be responsible for combining original and published data from transcriptional and metabolomic studies across species. The ideal candidate has a strong background in systems biology and is capable of thinking “outside the box”.

Required skills

PhD in the area of bioinformatics, computational biology, systems biology, or a related field
Experience in mining, integration and analysis of multiple high-throughput datasets (NGS, proteomics, metabolomics) and related software
Good understanding of cell biology, with particular focus on metabolism
Independent and creative thinking
Very good work organization skills
Experienced to work in interdisciplinary teams
Excellent communication skills in English

Additional preferred skills

Familiarity with CRISPR/Cas9-based screening systems
Familiarity with high-throughput screening methods
Background in neurobiology

Candidates are requested to submit

1-page cover letter explaining the reasons of interest to join our team
Curriculum Vitae outlining scientific interests, research achievements, a record of publications, future personal goals and extra-scientific passions
2 reference letters

What we offer

The post is offered for a limited term until 31 July 2020.

BioMed X is a multidisciplinary and international research institution with a very collegial and flexible working environment. As part of the remuneration package we offer a competitive salary, access to training and lecture courses in house as well as in neighboring research institutions on the Life Science Campus in Heidelberg. Team recognition events, such as our annual two-day retreat, joint luncheons and after work events, a Summer and a Christmas party are just some of the other perks our fellows enjoy.

The position is sponsored by Boehringer Ingelheim.

The position is available as of 01 May 2018. Please submit your application for the attention of Dr. Michal Slezak before 29 April 2018 via our online application system: https://apply.bio.mx /job/2018-J03

Applicants will be interviewed upon incoming documents, hence please get in touch as soon as you decide to apply.

Contact

BioMed X Innovation Center
Im Neuenheimer Feld 515
69120 Heidelberg
Germany

Email: Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!

Internet: www.bio.mx

Bioinformatics Engineer / Data Analyst [EMBL, HD_01272]

Details: Veröffentlicht: Mittwoch, 14. März 2018 09:46

Location: Heidelberg, Germany
Staff Category: Staff Member
Contract Duration: 3 years (renewable)
Grading: 4, 5 or 6, depending on experience and qualifications
Closing Date: 15 April 2018
Reference Number: HD_01272

Job Description
The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) is one of the highest ranked scientific research
organisations worldwide. The Headquarters Laboratory is located in Heidelberg (Germany), with
additional sites in Barcelona (Spain), Grenoble (France), Hamburg (Germany), Hinxton near
Cambridge (UK) and Rome (Italy).
EMBL is seeking a highly motivated bioinformatics engineer to work in the group of Prof. Matthias
Hentze. Research in the Hentze group primary focuses on novel RNA-binding proteins and the
identification of their role¬ in health and disease. The group uses new next-generation sequencing
and mass-spectrometry-based technologies to identify and functionally characterize RNA-binding
proteins and their targets. The successful applicant will be involved in the computational analysis
and interpretation of these data. (S)he will create workflows based on existing tools and further
develop analysis methodologies in order to translate novel data types into biological discoveries.
The successful applicant will be part of the bioinformatics core of a research team, collaborating
closely with experimentalists that produce large amounts of data. This position is tightly embedded
in the overall research of the lab and will make crucial contributions to the scientific outcomes. The
position provides a unique opportunity to acquire practical data science skills that are in high
demand and to develop a career in cutting edge bioinformatics services and infrastructures. The
position will work closely with a bioinformatics engineer, be supported by a senior bioinformatics
postdoc in the lab and will be complemented by an excellent network of bioinformaticians as well as
computational and scientific facilities at EMBL.

Qualifications and Experience
Applicants should have a university degree in bioinformatics, biostatistics, biophysics, computer
science or related fields (MSc or PhD). An educational background or practical knowledge in the
analysis of large datasets and working in Linux environments are required. Prior experience with
next-generation sequencing (NGS) analyses and NGS datasets is a must. Knowledge of Python (or
another scripting language) and/or the statistical programming language R/Bioconductor is an
advantage. A general understanding of biological questions will help to communicate with other
scientists.

We are looking for enthusiastic candidates who are keen to contribute novel ideas, are proactive and
have good problem-solving skills. Furthermore, the applicant should be able to work independently
and integrate well in an international and interdisciplinary team environment. Strong interpersonal
and communication skills as well as the ability to convey concepts to other scientists in different
fields of research are essential.

Application Instructions
Please apply online through www.embl.org/jobs

Additional Information
EMBL offers an international and interdisciplinary environment and many opportunities for career
development. Heidelberg has an active international social community and is regarded as one of the
most beautiful cities of Germany.
EMBL is an inclusive, equal opportunity employer offering attractive conditions and benefits
appropriate to an international research organisation. Please note that appointments on fixed term
contracts can be renewed, depending on circumstances at the time of the review.

Wiss. Mitarbeiterin / wiss. Mitarbeiter [Friedrich-Loeffler-Institut Mariensee/ Mecklenhorst]

Details: Veröffentlicht: Freitag, 09. März 2018 17:06

Das Friedrich-Loeffler-Institut ist als selbständige Bundesoberbehörde und Forschungsinstitut im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft auf den Gebieten Tiergesundheit, Tierernährung, Tierhaltung, tiergenetische Ressourcen und Tierschutz tätig.

Im Institut für Nutztiergenetik am Standort Mariensee/ Mecklenhorst ist zum nächstmöglichen Zeitpunkt die Stelle

einer wiss. Mitarbeiterin / eines wiss. Mitarbeiters

in Vollzeit (derzeit 39 Stunden), befristet bis zum 31.12.2022 zu besetzen. Das Arbeitsverhältnis richtet sich nach den Bestimmungen des Tarifvertrages des öffentlichen Dienstes (TVöD). Die Eingruppierung erfolgt je nach Erfüllung der tariflichen Voraussetzungen bis zur Entgeltgruppe 14 TVöD, Tarifgebiet - West.

Aufgaben:

Der/die Stelleninhaber/in soll eigenständige Forschungsarbeiten zur Umsetzung bioinformatischer Arbeiten am Institut durchführen; dazu gehören folgende Tätigkeiten:

-       Programmierung, Implementierung und Anwendung von Algorithmen zur Prozessierung und Analyse genomweiter Sequenzdaten bei Nutztieren

-       Planung und Durchführung populationsgenomischer Analysen zur Phylogenie, Diversität und Identifizierung merkmalsbeeinflussender Sequenzvariationen

-       Integration genomischer Informationen aus internationalen Datenbanken

-       Mitarbeit bei statistischen Analysen in institutsinternen Projekten

-       Veröffentlichung der Ergebnisse in internationalen wissenschaftlichen Zeitschriften und Einwerbung bzw. Mitarbeit bei der Einwerbung von Drittmitteln

Anforderungen:

-       abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master of Science) der Bioinformatik, Agrarwissenschaft, Biologie oder eng verwandter Studiengänge

-       abgeschlossene Promotion auf einem relevanten Fachgebiet mit Bezug zur Bioinformatik, vorzugsweise mit einer Ausrichtung auf Molekulargenetik oder Populationsgenomik

Von Vorteil sind:

-       Interesse an biologischen Fragestellungen

-       Erfahrungen in der Bearbeitung wissenschaftlicher Fragestellungen

-       Programmierkenntnisse (Java, Perl, Python, R, o. ä.)

-       Grundkenntnisse im Umgang mit Linux und der Systemadministration

-       Sehr gute Kenntnisse der englischen Sprache in Wort und Schrift

Wir setzen voraus, dass der/die Stelleninhaber/in Freude am wissenschaftlichen Arbeiten und Teamfähigkeit mitbringt. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt; von ihnen wird nur ein Mindestmaß an körperlicher Eignung verlangt. Bei Vorliegen entsprechender Bewerbungen wird geprüft, ob Teilzeitwünschen im Rahmen der dienstlichen Möglichkeiten entsprochen werden kann.

Nähere Auskünfte erteilt Herr Prof. Dr. Niemann, Tel. 05034 / 871 5135.

Schriftliche Bewerbungen mit aussagefähigen Unterlagen werden unter der Kennziffer 10/18 bis zum 19.03.2018 an das Friedrich-Loeffler-Institut, Fachbereich Personal, Postfach 1318 in 17466 Greifswald-Insel Riems erbeten. Bewerbungen per E-Mail werden nur berücksichtigt, wenn sie als PDF-Dokument an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! gesandt werden. Bitte unbedingt den Betreff angeben: Stelle 10/18.

Nach Abschluss des Auswahlverfahrens erhalten Sie Ihre Unterlagen zurück. Die Eingangsbestätigung sowie die Kommunikation während des Ausschreibungsverfahrens erfolgt per Mail. ]

Links: https://www.fli.de/de/karriere/stellenangebote/einzelansicht/wiss-mitarbeiterin-wiss-mitarbeiter-im-institut-fuer-nutztiergenetik/

Post-Doc position in Machine Learning in Biomedicine [Eberhard Karls University Tübingen]

Details: Veröffentlicht: Dienstag, 06. März 2018 16:29

The Chair for Methods in Medical Informatics (Prof. Dr. Nico Pfeifer), Department of Computer Science at Eberhard Karls University Tübingen, one of eleven German universities distinguished as excellent under the German government’s initiative, is currently looking for a

Post-Doc in Machine Learning in Biomedicine (E13 TV-L, 100%)

starting as soon as possible. The initial fixed-term contract will be for 2 years with possible extension.

The group has extensive knowledge at the interface between statistical machine learning, digital medicine, and computational biology. We are developing methods that allow answering new biomedical questions (Speicher and Pfeifer 2015, Proceedings of ISMB/ECCB 2015) and optimize them in close contact with our excellent national and international biomedical partners (Carlson et al. 2016, Nature Medicine, Schoofs et al. 2016, Science, Scheid et al. 2016, Nature, Döring et al. 2016, Retrovirology, Caskey et al. 2017, Nature Medicine).

Nico Pfeifer is one of the PIs of the excellence cluster proposal “Machine Learning: new perspectives for science” that is currently under review and he is also associated faculty of the International Max Planck Research School for Intelligent Systems.

Prerequisites

The ideal candidates will have a Ph.D. or equivalent in Machine Learning, Data Science, Biometry, Biostatistics, Bioinformatics, Computer Science, Computational Biology or a related life science discipline. The applicants should have an interest in interdisciplinary work. Experience in data science and machine learning as well as strong programming/scripting skills (C/C++, R, Matlab, Python, JavaScript, Java) are required as well as a strong publication record. Other relevant qualifications include:

•    Background in Statistics

•    Experience with medical data (clinical data, molecular data, …)

•    Experience with high-throughput data (next-generation sequencing, mass spectrometry)

•    Databases (MySQL, NoSQL)

•    Privacy-preserving machine learning

Knowledge of the adaptive immune system or infectious diseases is a plus.

The University seeks to raise the number of women in research and teaching and therefore urges qualified women academics to apply for these positions. Equally qualified applicants with disabilities will be given preference. The employment will be carried out by the central administration of the University of Tübingen. Please send your application (including motivation letter, curriculum vitae, transcripts and certificates, and contact details of two academic references) via e-mail as a single PDF to Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! (subject: Post-Doc application (Machine Learning in Biomedicine)) by April 3rd.

pdf version of the announcement: http://mm.informatik.uni-tuebingen.de/wp-content/uploads/2018/03/Ausschreibung_PostDoc.pdf"