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News

DASHH - Promovieren an der Schnittstelle zwischen Informatik und Naturwissenschaften

DASHH - eine neue Graduiertenschule in Hamburg geht an den Start. DASHH steht für 'Data Science in Hamburg - Helmholtz Graduate School for the Structure of Matter' und befasst sich mit spannenden Informatik-Fragestellungen in der naturwissenschaftlichen Forschung. Insgesamt gehen 14 interdisziplinäre Projekte an den Start und warten auf Ihre Bewerbung: www.dashh.org.

Im Rahmen der Digitalisierungsstrategie der Helmholtz-Gemeinschaft werden fünf Graduiertenschulen im Bereich Data Science aufgebaut. Das Konsortium aus Hamburg unter Beteiligung des DESY, der Universität Hamburg, der Technischen Universität Hamburg und fünf weiteren Forschungseinrichtungen hat sich erfolgreich um die Etablierung einer Graduiertenschule im Bereich Data Science beworben. Die Graduiertenschule 'DASHH - Data Science in Hamburg - Helmholtz Graduate School for the Structure of Matter' - befasst sich mit den Herausforderungen der Digitialisierung im Kontext der Strukturforschung. (Data Science for the Structure of Matter). Von Seiten der UHH war Matthias Rarey (Zentrum für Bioinformatik, FB Informatik) maßgeblich an der Antragstellung beteiligt und bildet mit Nina Rohringer (DESY) und Sabine Le Borne (TUHH) das Sprecher/innen Team der neuen Graduiertenschule.

Weitere Informationen:
- UHH News
- Pressemitteilung der Helmholtz-Gemeinschaft

ILW Förderpreis 2019

Der gemeinsame Fachbereich Informatik in den Lebenswissenschaften der Gesellschaft für Informatik e.V. und der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. vergibt den ILW Förderpreis 2019 für die beste Masterarbeit (Studienabschlussarbeit) aus dem Kontext:

Informatik in den Lebenswissenschaften

Dazu gehören insbesondere Arbeiten aus den Bereichen Bioinformatik, Umweltinformatik und Medizinische Informatik.  Der Preis ist mit 1000 € dotiert.

Die Arbeit soll zum Zeitpunkt der Bewerbungfrist abgeschlossen (d.h. zumindest eingereicht) sein. Der Abschluss darf nicht länger als 18 Monate zurückliegen.

Bewerber sollten:

- eine einseitige Zusammenfassung ihrer Arbeit,

- einen kurzen Lebenslauf,

- ein pdf der Abschlussarbeit,

- sowie ein Empfehlungsschreiben des Betreuers

an den Sprecher des Fachbereiches schicken (Email: ilw-preis(at)gi.de, Kennwort "ILW Award”).

Einsendeschluss ist der 31. Mai 2019

 

Call open for SIB Swiss Bioinformatics Awards

To promote excellence and innovation in the field of bioinformatics, the SIB Swiss Institute of Bioinformatics created the SIB Bioinformatics Awards ten years ago to acknowledge early career bioinformaticians and ground-breaking resources of national and international standing in three categories:

* The international SIB Early Career Bioinformatician Award
* The national SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award
* The international SIB Bioinformatics Resource Innovation Award

Candidates from the international bioinformatics community are encouraged to apply for these prestigious awards. Besides a cash prize, all laureates will be invited to present their work at the [BC]2 the Basel Computational Biology Conference from 9 to 12 September 2019 in Basel, Switzerland.

*Key dates *

* Call for entries
o SIB Early Career Bioinformatician Award: 10 January 2019 (now open)
o SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award: 10 January 2019 (now
open)
o SIB Bioinformatics Resource Innovation Award: 4 February 2019
* Closing dates
o SIB Early Career Bioinformatician Award: 31 March 2019
o SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award: 31 March 2019
o SIB Bioinformatics Resource Innovation Award: 30 April 2019
* Awards presentation
o 9-12 September 2019 at the [BC]2 Conference in Basel
 
More information is also available on our website <https://www.sib.swiss/scientific-community/research/sib-awards> or on Twitter <https://twitter.com/ISBSIB/status/1087736503990734850> by following the hashtag #SIBawards.

GCB2020

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Schon mal vormerken: Die Mitgliederversammlung der Fachgruppe Bioinformatik (FaBI) beschloß während der German Conference on Bioinformatics 2018 in Wien, dass die GCB 2020 in der Woche vom 14.-18. September 2020 in Frankfurt stattfinden soll. Ina Koch stellte das Konzept, die Co-Organisatoren und das Tagungszentrum vor.

 

GCB2019

Die nächste GCB wird in Heidelberg stattfinden. Das lokale Organisationsteam um Christoph Dieterich lädt vom 17.-19. September 2019 Bioinformatiker, aber auch Medizininformatiker und Mediziner an das DKFZ. Die Keynotes werden Michaele Frye (Cambridge UK), Robert Gentlemen (23andMe), Sabine Koch (Karolinska), Oliver Kohlbacher (Tübingen), Anna Kreshuk (EMBL) und Oliver Stegle (DKFZ/EMBL-EBI) halten. Mehr Infos unter www.gcb2019.de

GCB2018

Die erste German Conference on Bioinformatics außerhalb der Landesgrenzen war ein großer Erfolg. Über 240 Bioinformatiker/innen kamen nach Wien um ein interessantes medizinisch geprägtes Programm von 7 Keynotes und 33 Vorträgen zu verfolgen. Auch die vorangehenden fünf methodischen Tutorial-Workshops stießen auf großes Interesse. Die Mitgliederversammlung der Fachgruppe Bioinformatik (FaBI) dankte den Co-Organisatoren und dem Team von Thomas Rattei für die perfekte Organisation.

Sprecherwechsel bei der Fachgruppe Bioinformatik (FaBI)

 

Nach 5 Jahren als Sprecher des Beirats der Fachgruppe Bioinformatik, übergab Prof. Dr. Matthias Rarey (Uni Hamburg) während der German Conference on Bioinformatics (GCB2018) in Wien das Amt an seinen Stellvertreter Prof. Dr. Oliver Kohlbacher (Uni Tübingen). Ihm werden Prof. Dr. Caroline Friedel (LMU München) und Prof. Dr. Ina Koch (Uni Frankfurt) sowie Prof. Dr. Matthias Rarey weiterhin als Stellvertreter(innen) zur Seite stehen.
Prof. Rarey ist zu verdanken, dass 2014 die Bioinformatik-Fachgruppen von fünf Fachgesellschaften ihre Aktivitäten in der gemeinsamen Fachgruppe Bioinformatik (FaBI) gebündelt haben. Sie vertritt heute rund 1.000 Bioinformatiker/innen in Deutschland und trat bereits 2015 mit einem Positionspapier zur Bioinformatik in Deutschland an die Öffentlichkeit. In diesem Jahr legte die FaBI ihren Trägergesellschaften und interessierten Universitäten Kandidatenvorschläge für die Fachkollegienwahlen der DFG vor. Die Fachgruppe organisiert die GCB (German Conference on Bioinformatics), die seit 1986 jedes Jahr zwischen 200-300 überwiegend junge Kolleg(inn)en zusammengeführt hat. Unter http://www.bioinformatik.de bietet die FaBI eine Forschungslandkarte mit den Kurzprofilen der 166 akademischen Arbeitsgruppen und informiert u.a. über aktuelle Stellenausschreibungen. Die informative Website wurde mit finanzieller Unterstützung der Bayer AG aufgebaut und seitdem von Prof. Rarey's Team in Hamburg betreut.

 

            Matthias Rarey

 

 

 

 

         Oliver Kohlbacher

 

 

 

 

 

 

Dissertationspreis FaBI 2018

Dr. Norbert Lindow vom Zuse-Institut Berlin erhielt den diesjährigen Dissertationspreis der Fachgruppe Bioinformatik (FaBI) für seine Arbeit zur Visualisierung und Analyse atomarer Strukturen. Sie ist essenziell für das Verständnis des Aufbaus und der Funktionsweise von Molekülen. Bei der Untersuchung von Biomolekülen, wie Proteinen, ist besonders die Analyse und Dynamik der Kavitäten von großem Interesse. In seiner Dissertation gelang es Dr. Norbert Lindow die Darstellung glatter Oberflächen, die sich für die Analyse von Kavitäten eignen, zu beschleunigen und visuell zu verbessern, wodurch sie auf dynamische Proteine angewendet werden können. Seine Methoden erlauben erstmals, große statische biologische Strukturen und anorganische Materialien bis auf atomare Auflösung interaktiv darzustellen und Kavitäten über die Zeit zu verfolgen und topologische Veränderungen zu visualisieren. Um die Genauigkeit der oben genannten Verfahren voranzutreiben, werden Moleküloberflächen berechnet, welche die erreichbaren Regionen eines Substrates zeigen und die Struktur und Dynamik des Substrates als Kalottenmodell berücksichtigen. Der mit 1000 Euro dotierte Preis wurde am 26. September während der German Conference on Bioinformatics 2018 in Wien von Fachgruppensprecher Matthias Rarey und der Juryvorsitzenden Caroline Friedel überreicht.